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- PDB-2wd9: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ACYL-COA SYNTHETASE MEDIUM-CHAIN FAMIL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wd9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ACYL-COA SYNTHETASE MEDIUM-CHAIN FAMILY MEMBER 2A (L64P MUTATION) IN COMPLEX WITH IBUPROFEN
要素ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL
キーワードLIGASE / NUCLEOTIDE-BINDING / FATTY ACID METABOLISM / TRANSIT PEPTIDE / LIPID METABOLISM / NUCLEOTIDE BINDING / MITOCHONDRION / METAL-BINDING / LIGASE ACTIVITY / MEDIUM-CHAIN FATTY ACID / FATTY ACID METABOLIC PROCESS / MAGNESIUM / ATP-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Conjugation of salicylate with glycine / fatty acid ligase activity / decanoate-CoA ligase activity / medium-chain acyl-CoA ligase / : / benzoate-CoA ligase / benzoate-CoA ligase activity / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / fatty-acyl-CoA synthase activity / acyl-CoA metabolic process ...Conjugation of salicylate with glycine / fatty acid ligase activity / decanoate-CoA ligase activity / medium-chain acyl-CoA ligase / : / benzoate-CoA ligase / benzoate-CoA ligase activity / medium-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / fatty-acyl-CoA synthase activity / acyl-CoA metabolic process / triglyceride homeostasis / Aspirin ADME / fatty acid biosynthetic process / glucose homeostasis / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily ...ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IBUPROFEN / Acyl-coenzyme A synthetase ACSM2A, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yue, W.W. / Kochan, G.T. / Pilka, E.S. / Bhatia, C. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Snapshots for the Conformation- Dependent Catalysis by Human Medium-Chain Acyl- Coenzyme a Synthetase Acsm2A.
著者: Kochan, G. / Pilka, E.S. / Delft, F.V. / Oppermann, U. / Yue, W.W.
履歴
登録2009年3月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL
B: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL
C: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,2878
ポリマ－189,6193
非ポリマー6675
水3,873215
1
A: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4132
ポリマ－63,2061
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4373
ポリマ－63,2061
非ポリマー2312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4373
ポリマ－63,2061
非ポリマー2312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.320, 98.320, 381.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISTHRTHR3AA37 - 38530 - 378
21HISHISTHRTHR3BB37 - 38530 - 378
31HISHISTHRTHR3CC37 - 38530 - 378
12TYRTYRASNASN5AA390 - 467383 - 460
22TYRTYRASNASN5BB390 - 467383 - 460
32TYRTYRASNASN5CC390 - 467383 - 460
13SERSERLEULEU4AA468 - 550461 - 543
23SERSERLEULEU4BB468 - 550461 - 543
33SERSERLEULEU4CC468 - 550461 - 543

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要素

#1: タンパク質 ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A, MITOCHONDRIAL / ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A / ACYL-COA SYNTHETASE MEDIUM-CHAIN FAMILY MEMBER 2A / MIDDLE- ...ACYL-COENZYME A SYNTHETASE ACSM2A / ACYL-COA SYNTHETASE MEDIUM-CHAIN FAMILY MEMBER 2A / MIDDLE-CHAIN ACYL-COA SYNTHETASE 2A / BUTYRYL COENZYME A SYNTHETASE 2A / BUTYRATE-COA LIGASE 2A


分子量: 63206.438 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 32-576 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08AH3, medium-chain acyl-CoA ligase
#2: 化合物 ChemComp-IBP / IBUPROFEN / 2-(4-ISOBUTYLPHENYL)PROPIONIC ACID / (S)-イブプロフェン


分子量: 206.281 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2 / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 64 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 64 TO PRO ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 64 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 64 TO PRO ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LEU 64 TO PRO

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.2M AM ACETATE, 0.1M TRIS PH 8.5, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月11日 / 詳細: OSMIC
放射モノクロメーター: NI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→38.92 Å / Num. obs: 54507 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0089精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3B7W

3b7w


解像度: 2.6→38.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 26.872 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.258 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 2842 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.236 54057 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---1.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12363 0 47 215 12625
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02212811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2321.96617429
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.199321240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.77251629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70724.325511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.186152181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0831564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022479
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8071.58027
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1081.53253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.396212982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.39534784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5154.54435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2024tight positional0.080.05
2B2024tight positional0.070.05
3C2024tight positional0.080.05
1A1531medium positional0.50.5
2B1531medium positional0.510.5
3C1531medium positional0.850.5
1A2938loose positional0.155
2B2938loose positional0.135
3C2938loose positional0.145
1A2024tight thermal0.380.5
2B2024tight thermal0.580.5
3C2024tight thermal0.620.5
1A1531medium thermal1.292
2B1531medium thermal1.472
3C1531medium thermal1.632
1A2938loose thermal0.5810
2B2938loose thermal0.710
3C2938loose thermal0.7410
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 186 -
Rwork0.335 3555 -
obs--87.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.425410.72679.37517.98496.96586.10450.2122-0.2010.02950.2127-0.13670.09950.1061-0.2725-0.07550.62790.51140.25211.85610.6110.74345.7980.06113.683
21.01070.1434-0.22660.8753-0.34391.2686-0.0002-0.0751-0.06210.0006-0.0165-0.09960.10350.10310.01660.05740.0204-0.00940.05180.00480.015527.249.09122.65
37.8127-0.7494-2.85013.27070.91433.2290.14210.11230.76960.0348-0.0549-0.195-0.31070.0446-0.08730.10040.023-0.01880.06660.0240.103722.71134.02716.713
40.7594-0.21160.64430.1526-0.11321.2834-0.0063-0.01260.00060.06910.01380.0086-0.0395-0.0444-0.00750.09040.0080.00530.099-0.00090.00146.31621.15928.528
50.7788-1.0317-0.74022.50810.42642.0643-0.12320.00180.02980.09810.09580.162-0.2983-0.06120.02740.22460.008-0.080.11990.00250.059916.81428.71849.339
61.1644-0.09350.31030.9434-0.531.480.00260.06890.0481-0.058-0.0232-0.1027-0.080.16820.02060.0481-0.00190.01210.0628-0.0040.015641.866-22.965-6.886
78.4202-3.77998.92393.0504-2.153511.99490.2493-0.3354-0.52750.04110.37280.18580.4699-0.0543-0.62210.1046-0.022-0.02750.13590.04840.094127.287-23.592-6.643
81.89250.42520.69762.0751-0.7540.910.0689-0.0076-0.0034-0.02710.00870.34110.0879-0.1713-0.07760.11090.00350.01580.1318-0.04810.090319.004-26.576-11.171
90.12910.17750.01680.54890.3941.4830.0067-0.0525-0.0394-0.0919-0.0062-0.00470.0125-0.1047-0.00040.12450.0007-0.04170.09910.02410.029826.1-43.7741.466
101.57290.1982-0.70041.6213-0.25632.6218-0.0004-0.0441-0.12360.0841-0.06460.25890.0839-0.30070.0650.0648-0.01590.00550.1185-0.01130.059518.753-33.30820.289
1114.7495-5.1093-7.3391.86012.55533.65870.67990.27562.4337-0.03250.3242-0.7818-0.2581-0.1103-1.00412.1251-0.0642-0.32671.14420.1921.3451-6.5840.55840.302
121.08110.0877-0.39191.0723-0.13850.9655-0.0327-0.0744-0.10040.07930.0014-0.00290.10290.15580.03130.10110.01310.00390.1285-0.00710.027-11.123-26.96138.944
130.11650.1699-0.60116.39654.10698.5008-0.0983-0.0379-0.0559-0.1120.4303-0.00760.4188-0.0492-0.33190.6574-0.2138-0.06670.77760.03590.9937-38.247-34.83249.397
140.13-0.1303-0.18410.36030.24710.69560.0308-0.09860.01180.1422-0.00980.0577-0.1365-0.0017-0.0210.2249-0.03270.03390.2043-0.0220.1318-26.167-9.07135.831
152.94140.03711.31291.296-0.65752.82680.0852-0.23140.20610.2648-0.1050.3477-0.2429-0.24940.01980.0972-0.01110.05610.0923-0.04790.1184-33.661-19.56614.259
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A37 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 322
3X-RAY DIFFRACTION3A323 - 360
4X-RAY DIFFRACTION4A361 - 502
5X-RAY DIFFRACTION5A503 - 569
6X-RAY DIFFRACTION6B37 - 256
7X-RAY DIFFRACTION7B257 - 265
8X-RAY DIFFRACTION8B266 - 389
9X-RAY DIFFRACTION9B390 - 503
10X-RAY DIFFRACTION10B504 - 569
11X-RAY DIFFRACTION11C34 - 39
12X-RAY DIFFRACTION12C40 - 321
13X-RAY DIFFRACTION13C322 - 329
14X-RAY DIFFRACTION14C330 - 496
15X-RAY DIFFRACTION15C497 - 569

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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