PDB-2wcn: Solution structure of an LNA-modified quadruplex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wcn

タイトル

Solution structure of an LNA-modified quadruplex

要素

DNA (5'-D(*DGP*LCG*DGP*LCG*DTP*DTP*DTP *DTP*DGP*LCG*DGP*LCG)-3')

キーワード

DNA / LNA / QUADRUPLEX / FOLDING TOPOLOGY

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

OXYTRICHA NOVA (真核生物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Nielsen, J.T. / Arar, K. / Petersen, M.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: Solution Structure of a Locked Nucleic Acid Modified Quadruplex: Introducing the V4 Folding Topology.
著者: Nielsen, J.T. / Arar, K. / Petersen, M.

履歴

登録	2009年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wcn.cif.gz	323.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wcn.ent.gz	255.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wcn_validation.pdf.gz	322.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wcn_full_validation.pdf.gz	512.3 KB	表示
XML形式データ	2wcn_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	2wcn_validation.cif.gz	46.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/2wcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/2wcn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ms3-d 6nl6-4 6ycv-d 6h3m-5 6nl6-2 5lgm-d 2mxe-d 2ws1-d 6h3m-1 2wrv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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チミン２量体 (Thymine Dimers)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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DNA (DNA)
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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
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トランスポザーゼ (Transposase)
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#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
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#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
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#131 - 2010年11月
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2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
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HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*DGP*LCG*DGP*LCG*DTP*DTP*DTP *DTP*DGP*LCG*DGP*LCG)-3')

B: DNA (5'-D(*DGP*LCG*DGP*LCG*DTP*DTP*DTP *DTP*DGP*LCG*DGP*LCG)-3')

7.84 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(DGPLCGDGPLCGDTPDTPDTP DTPDGPLCGDGPLCG)-3') / OXYTRICHA NOVA SEQUENCE 分子量: 3917.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: MODEL SYSTEM DERIVED FROM OXYTRICIA NOVA TELOMERE SEQUNCE MODIFIED WITH LNA NUCLEOTIDES AT POSITION 2,4,10 AND 12. 由来: (合成) OXYTRICHA NOVA (真核生物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	COSY
1	3	1	TOCSY
1	4	1	HSQC

NMR実験の詳細

Text: NONE

-
試料調製

詳細	内容: H2O/D2O AND D2O
試料状態	イオン強度: 100 mM / pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Xplor-NIH	2.14	SCHWIETERS, KUSZEWSKI, TJ	精密化
X-PLOR			構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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