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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wce | ||||||
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タイトル | calcium-free (apo) S100A12 | ||||||
要素 | PROTEIN S100-A12 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / CALCIUM SIGNALLING / APO / EF-HAND / CALCIUM FREE / S100 PROTEIN / HOST-PARASITE RESPONSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mast cell activation / RAGE receptor binding / monocyte chemotaxis / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / endothelial cell migration / defense response to fungus / xenobiotic metabolic process / neutrophil chemotaxis / positive regulation of MAP kinase activity ...mast cell activation / RAGE receptor binding / monocyte chemotaxis / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / endothelial cell migration / defense response to fungus / xenobiotic metabolic process / neutrophil chemotaxis / positive regulation of MAP kinase activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / calcium-dependent protein binding / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / killing of cells of another organism / cytoskeleton / defense response to bacterium / inflammatory response / copper ion binding / innate immune response / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S. / Bronstein, I.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: The Crystal Structures of Human S100A12 in Apo Form and in Complex with Zinc: New Insights Into S100A12 Oligomerisation. 著者: Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S. / Bronstein, I.B. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Human S100A12. 著者: Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Murshudov, G.N. / Maitland, N.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Skibshoj, I. / Lukanidin, E.M. / Bronstein, I.B. #2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Structure of the Human S100A12-Copper Complex: Implications for Host-Parasite Defence. 著者: Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Grist, S.J. / Maitland, N.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Lukanidin, E. / Bronstein, I.B. #3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002 タイトル: The Structure of S100A12 in a Hexameric Form and its Proposed Role in Receptor Signalling. 著者: Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Burrell, H.J. / Grist, S.J. / Lloyd, R.M. / Maitland, N.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Lukanidin, E. / Bronstein, I.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wce.cif.gz | 56.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wce.ent.gz | 40.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wce_validation.pdf.gz | 428.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wce_full_validation.pdf.gz | 430.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wce_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wce_validation.cif.gz | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/2wce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wc/2wce | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10905.040 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-92 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80511 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 配列の詳細 | EXTRA FOUR RESIDUES AT N TERMINUS MGGS, L76M SUBSTITUTI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 1.4M NA-CITRATE, PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→55.6 Å / Num. obs: 21533 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 22.7 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.77 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1K9P 解像度: 1.77→55.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.794 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→55.56 Å
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拘束条件 |
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