PDB-2wat: Structure of the fungal type I FAS PPT domain in complex with CoA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wat

タイトル

Structure of the fungal type I FAS PPT domain in complex with CoA

要素

3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / COA / FAS / PPT / NAD / NADP / PHOSPHOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / LIPID SYNTHESIS / PHOSPHOPANTETHEINE TRANSFERASE / PHOSPHOPANTETHEINE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / PHOSPHOPANTETHEINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Johansson, P. / Mulincacci, B. / Koestler, C. / Grininger, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Multimeric Options for the Auto-Activation of the Saccharomyces Cerevisiae Fas Type I Megasynthase.
著者: Johansson, P. / Mulinacci, B. / Koestler, C. / Vollrath, R. / Oesterhelt, D. / Grininger, M.

履歴

登録	2009年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wat.cif.gz	160.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wat.ent.gz	128.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wat.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wat_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wat_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	2wat_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	2wat_validation.cif.gz	49.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wat	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wasC 3hmjC 2uv8 2vkz C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5iwg-2 1ckm-2 4fma-12 3wc3-d 5lsq-d 5iwg-3 3max-2 4mrt-d 4lxz-1 1ksd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (13)
#239 - 2019年11月
ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (2)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

E: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

F: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

ヘテロ分子

80.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.8 kDa, 3 ポリマー
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2

D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

E: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

F: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.587, 73.764, 105.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 130.80, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-2889- CL
2	1	C-2010- HOH
3	1	C-2049- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1767:1781)
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1767:1781)
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1767:1781)
4	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1767:1781)
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1767:1781)
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1767:1781)
1	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 1783:1787)
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 1783:1787)
3	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 1783:1787)
4	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 1783:1787)
5	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 1783:1787)
6	1	2	CHAIN F AND (RESSEQ 1783:1787)
1	1	3	CHAIN D AND (RESSEQ 1789:1793)
2	1	3	CHAIN B AND (RESSEQ 1789:1793)
3	1	3	CHAIN C AND (RESSEQ 1789:1793)
4	1	3	CHAIN A AND (RESSEQ 1789:1793)
5	1	3	CHAIN E AND (RESSEQ 1789:1793)
6	1	3	CHAIN F AND (RESSEQ 1789:1793)
1	1	4	CHAIN D AND (RESSEQ 1795:1825)
2	1	4	CHAIN B AND (RESSEQ 1795:1825)
3	1	4	CHAIN C AND (RESSEQ 1795:1825)
4	1	4	CHAIN A AND (RESSEQ 1795:1825)
5	1	4	CHAIN E AND (RESSEQ 1795:1825)
6	1	4	CHAIN F AND (RESSEQ 1795:1825)
1	1	5	CHAIN D AND (RESSEQ 1826:1833)
2	1	5	CHAIN B AND (RESSEQ 1826:1833)
3	1	5	CHAIN C AND (RESSEQ 1826:1833)
4	1	5	CHAIN E AND (RESSEQ 1826:1833)
5	1	5	CHAIN F AND (RESSEQ 1826:1833)
1	1	6	CHAIN D AND (RESSEQ 1834:1840)
2	1	6	CHAIN B AND (RESSEQ 1834:1840)
3	1	6	CHAIN C AND (RESSEQ 1834:1840)
4	1	6	CHAIN A AND (RESSEQ 1834:1840)
5	1	6	CHAIN E AND (RESSEQ 1834:1840)
6	1	6	CHAIN F AND (RESSEQ 1834:1840)
1	1	7	CHAIN B AND (RESSEQ 1835:1847)
2	1	7	CHAIN F AND (RESSEQ 1835:1847)
1	1	8	CHAIN A AND (RESSEQ 1835:1847)
2	1	8	CHAIN E AND (RESSEQ 1835:1847)
1	1	9	CHAIN D AND (RESSEQ 1848:1872)
2	1	9	CHAIN B AND (RESSEQ 1848:1872)
3	1	9	CHAIN C AND (RESSEQ 1848:1872)
4	1	9	CHAIN A AND (RESSEQ 1848:1872)
5	1	9	CHAIN E AND (RESSEQ 1848:1872)
6	1	9	CHAIN F AND (RESSEQ 1848:1872)
1	1	10	CHAIN D AND (RESSEQ 1878:1886)
2	1	10	CHAIN B AND (RESSEQ 1878:1886)
3	1	10	CHAIN C AND (RESSEQ 1878:1886)
4	1	10	CHAIN A AND (RESSEQ 1878:1886)
5	1	10	CHAIN E AND (RESSEQ 1878:1886)
6	1	10	CHAIN F AND (RESSEQ 1878:1886)

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE / FAS PPT / BETA-KETOACYL REDUCTASE / BETA-KETOACYL SYNTHASE / FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA 分子量: 12784.266 Da / 分子数: 6 断片: PHOSPHOPANTETHEINE TRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 1766-1887 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD 参照: UniProt: P19097, holo-[acyl-carrier-protein] synthase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	G1768-K1887 FRAGMENT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4 / 詳細: pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→80 Å / Num. obs: 43185 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.65 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→80.01 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 27.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	4071	5 %
R_work	0.217	-	-
obs	0.219	43185	96.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.78 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.6854 Å²	-0 Å²	-2.7335 Å²
2-	-	4.3767 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.8287 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→80.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5266	0	249	505	6020

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5581
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	7600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.045	2004
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	887
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	959

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	D	102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	3	C	102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
1	4	A	102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	5	E	102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	6	F	102	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
2	1	D	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	3	C	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.022
2	4	A	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
2	5	E	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
2	6	F	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
3	1	D	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
3	3	C	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.031
3	4	A	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
3	5	E	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
3	6	F	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
4	1	D	232	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	232	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
4	3	C	232	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.04
4	4	A	232	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
4	5	E	232	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
4	6	F	232	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
5	1	D	45	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	45	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
5	3	C	45	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.029
5	4	E	45	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.03
5	5	F	19	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.025
6	1	D	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.106
6	3	C	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
6	4	A	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.098
6	5	E	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.093
6	6	F	57	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
7	1	B	104	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	F	104	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.026
8	1	A	104	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	E	104	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.024
9	1	D	176	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	B	176	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
9	3	C	176	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
9	4	A	174	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
9	5	E	176	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
9	6	F	176	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
10	1	D	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	B	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
10	3	C	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
10	4	A	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028
10	5	E	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
10	6	F	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.028

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.2259	0.3504	92	0.2989	2000	X-RAY DIFFRACTION	74
2.2259-2.253	0.2997	126	0.2982	2280	X-RAY DIFFRACTION	80
2.253-2.2816	0.3501	118	0.2952	2442	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2816-2.3116	0.3223	131	0.2743	2766	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3116-2.3433	0.3101	156	0.2765	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3433-2.3767	0.3386	127	0.2686	2783	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3767-2.4122	0.291	171	0.2704	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4122-2.4499	0.297	134	0.2605	2763	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4499-2.4901	0.3097	136	0.2573	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4901-2.533	0.3128	118	0.265	2793	X-RAY DIFFRACTION	99
2.533-2.5791	0.3564	113	0.2524	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5791-2.6287	0.3126	173	0.2508	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6287-2.6824	0.2586	93	0.2328	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6824-2.7407	0.3065	140	0.2285	2780	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7407-2.8044	0.255	139	0.2398	2723	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8044-2.8746	0.271	148	0.2381	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8746-2.9523	0.2187	121	0.2281	2825	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9523-3.0392	0.2826	146	0.231	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0392-3.1373	0.2532	171	0.2264	2707	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1373-3.2494	0.2961	158	0.2162	2743	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2494-3.3795	0.2859	149	0.205	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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