PDB-2w9x: The active site of a carbohydrate esterase displays divergent cat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w9x

タイトル

The active site of a carbohydrate esterase displays divergent catalytic and non-catalytic binding functions

要素

PUTATIVE ACETYL XYLAN ESTERASE

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / CARBOHYDRATE ESTERASE FAMILY 2 / ACETYL XYLAN ESTERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glucomannan catabolic process /

アセチルキシランエステラーゼ /

acetylxylan esterase activity /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / xylan catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Montanier, C. / Money, V.A. / Pires, V. / Flint, J.E. / Benedita, P.A. / Goyal, A. / Prates, J.A. / Izumi, A. / Stalbrand, H. / Morland, C. ...

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009
タイトル: The Active Site of a Carbohydrate Esterase Displays Divergent Catalytic and Noncatalytic Binding Functions.
著者: Montanier, C. / Money, V.A. / Pires, V. / Flint, J.E. / Benedita, P.A. / Goyal, A. / Prates, J.A. / Izumi, A. / Stalbrand, H. / Morland, C. / Cartmell, A. / Kolenova, K. / Topakas, E. / ...

履歴

登録	2009年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w9x.cif.gz	143.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w9x.ent.gz	118.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/2w9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/2w9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2waaC 2wabC 2waoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2d4h-d 1qwr-d 3caw-d 6mly-1 3dwk-3 3eml-d 3cqp-d 3qak-d 3c1a-d 5ouu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PUTATIVE ACETYL XYLAN ESTERASE

B: PUTATIVE ACETYL XYLAN ESTERASE

ヘテロ分子

82.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.274, 75.274, 141.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8324, 0.5539, -0.01636), (0.5538, -0.8326, -0.006154), (-0.01703, -0.003938, -0.9998))

#1: タンパク質	PUTATIVE ACETYL XYLAN ESTERASE / AXE2A / CJCE2B 分子量: 40906.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア) プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3PDE5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.68 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8 / 詳細: 0.1 M IMIDAZOLE PH 8.0, 10% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→53.22 Å / Num. obs: 53120 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0.03 / 冗長度: 5.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 7.62 / SU ML: 0.122 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	2699	5.1 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.193	50355	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5097	0	42	418	5557

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	5239
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.275	1.947	7108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.021	5	643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.648	24.502	251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.354	15	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.944	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.197	0.2	2363
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	473
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.214	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.528	1.5	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.84	2	5152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.417	3	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.171	4.5	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	220	-
R_work	0.254	3704	-
obs	-	-	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8053	0.1639	-0.6609	1.8389	-0.5914	3.293	-0.1569	0.0059	0.4521	-0.2575	-0.0294	0.6741	-0.5229	-0.617	0.1863	0.1589	0.3954	-0.2592	0.1739	-0.1972	0.2403	7.925	64.06	-14.514
2	1.0436	0.3255	0.7989	3.5786	0.1299	2.0551	0.1149	0.0113	-0.3413	0.1032	-0.1976	0.3078	0.8827	-0.2553	0.0827	0.3403	-0.1426	0.1442	-0.1059	-0.1294	0.0356	27.371	-0.763	13.903
3	1.4114	0.0504	0.333	1.689	-0.0489	1.5355	-0.0999	-0.1239	0.2755	-0.1755	-0.1535	0.378	-0.5869	-0.4538	0.2533	0.0609	0.2777	-0.1559	0.0302	-0.1515	-0.0598	20.112	56.674	-11.495
4	1.6676	0.1327	-0.0633	1.8784	-0.5959	1.9577	-0.0388	0.1502	-0.3768	-0.0461	-0.1517	0.1027	0.7001	-0.0632	0.1905	0.0895	-0.0367	0.1291	-0.1544	-0.0955	-0.1089	32.55	10.91	11.013
5	1.3631	-0.073	0.3114	1.1202	0.1727	2.8382	-0.1418	-0.1492	0.087	0.0155	-0.1237	0.0771	-0.4714	-0.2137	0.2656	-0.0858	0.1062	-0.0734	-0.1408	-0.0606	-0.1998	34.273	46.949	-5.462
6	0.8333	0.2365	-0.3682	1.5418	-0.4234	3.452	-0.0596	0.1271	-0.0642	-0.0986	-0.2163	-0.045	0.3136	0.1472	0.2759	-0.1593	0.0454	0.059	-0.129	-0.0092	-0.2246	40.087	28.306	4.687

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 95
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	96 - 240
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	96 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	241 - 340
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	241 - 340

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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