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- PDB-2wao: Structure of a family two carbohydrate esterase from Clostridium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wao
タイトルStructure of a family two carbohydrate esterase from Clostridium thermocellum in complex with cellohexaose
要素ENDOGLUCANASE E
キーワードHYDROLASE / PLANT CELL WALL DEGRADATION / CARBOHYDRATE METABOLISM / POLYSACCHARIDE DEGRADATION / ESTERASE / CELLULASES / GLYCOSIDASE / CARBOHYDRATE BINDING / CELLULOSE DEGRADATION
機能・相同性
機能・相同性情報


glucomannan catabolic process / acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / cellulose binding / cellulase / cellulase activity / xylan catabolic process / cellulose catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate esterase 2, N-terminal / Carbohydrate esterase 2 N-terminal / CtCE2-like domain / : / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / SGNH hydrolase superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site ...Carbohydrate esterase 2, N-terminal / Carbohydrate esterase 2 N-terminal / CtCE2-like domain / : / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / SGNH hydrolase superfamily / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Galactose-binding domain-like / Glycoside hydrolase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellopentaose / FORMIC ACID / Cellulase/esterase CelE
類似検索 - 構成要素
生物種CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Montainer, C. / Money, V.A. / Pires, V.M.R. / Flint, J.E. / Pinheiro, B.A. / Goyal, A. / Prates, J.A.M. / Izumi, A. / Stalbrand, H. / Kolenova, K. ...Montainer, C. / Money, V.A. / Pires, V.M.R. / Flint, J.E. / Pinheiro, B.A. / Goyal, A. / Prates, J.A.M. / Izumi, A. / Stalbrand, H. / Kolenova, K. / Topakas, E. / Dodson, E.J. / Bolam, D.N. / Davies, G.J. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009
タイトル: The Active Site of a Carbohydrate Esterase Displays Divergent Catalytic and Noncatalytic Binding Functions.
著者: Montanier, C. / Money, V.A. / Pires, V.M.R. / Flint, J.E. / Pinheiro, B.A. / Goyal, A. / Prates, J.A.M. / Izumi, A. / Stalbrand, H. / Morland, C. / Cartmell, A. / Kolenova, K. / Topakas, E. / ...著者: Montanier, C. / Money, V.A. / Pires, V.M.R. / Flint, J.E. / Pinheiro, B.A. / Goyal, A. / Prates, J.A.M. / Izumi, A. / Stalbrand, H. / Morland, C. / Cartmell, A. / Kolenova, K. / Topakas, E. / Dodson, E.J. / Bolam, D.N. / Davies, G.J. / Fontes, C.M.G.A. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2009年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月2日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,03413
ポリマ－37,6991
非ポリマー1,33512
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.634, 60.082, 69.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 78.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE E / ACETYL ESTERASE / ENDO-1 / 4-BETA-GLUCANASE E / CELLULASE E / EGE


分子量: 37699.105 Da / 分子数: 1 / 断片: C TERMINAL DOMAIN OF CEL5C-CES2A, RESIDUES 485-814 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CLOSTRIDIUM THERMOCELLUM (バクテリア)
プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10477, cellulase
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / タイプ: ESRF / 波長: 0.9757
検出器検出器: CCD / 日付: 2005年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9757 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→67.6 Å / Num. obs: 31011 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→40.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.29 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 1550 5 %RANDOM
Rwork0.144 ---
obs0.146 29236 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2522 0 89 430 3041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222731
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5911.9683706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9625346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.16224.153118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.34415417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5111512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21853
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2338
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2050.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1051.51710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56722657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.79631183
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9974.51039
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.248 97
Rwork0.191 2118

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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