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- PDB-2w97: Crystal Structure of eIF4E Bound to Glycerol and eIF4G1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w97
タイトルCrystal Structure of eIF4E Bound to Glycerol and eIF4G1 peptide
要素(EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR ...) x 3
キーワードTRANSLATION / PROTEIN BIOSYNTHESIS / INITIATION FACTOR / TRANSLATION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / positive regulation of mRNA cap binding / macromolecule biosynthetic process / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of cellular response to stress / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / cap-dependent translational initiation / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission ...positive regulation of eukaryotic translation initiation factor 4F complex assembly / positive regulation of mRNA cap binding / macromolecule biosynthetic process / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / eukaryotic initiation factor 4G binding / regulation of cellular response to stress / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / cap-dependent translational initiation / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / chromatoid body / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / translation factor activity, RNA binding / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / positive regulation of protein localization to cell periphery / regulation of translational initiation / Ribosomal scanning and start codon recognition / stem cell population maintenance / Translation initiation complex formation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / mTORC1-mediated signalling / behavioral fear response / regulation of presynapse assembly / negative regulation of neuron differentiation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to nutrient levels / mRNA export from nucleus / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / energy homeostasis / translation initiation factor binding / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of neuron differentiation / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of autophagy / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / translational initiation / lung development / P-body / neuron differentiation / ISG15 antiviral mechanism / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / regulation of translation / positive regulation of cell growth / DNA-binding transcription factor binding / response to ethanol / postsynapse / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / ribosome / nuclear speck / translation / mRNA binding / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Initiation factor 4G / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 ...Initiation factor 4G / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / MIF4G domain / Middle domain of eukaryotic initiation factor 4G (eIF4G) / MIF4G-like, type 3 / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MGO / TRIETHYLENE GLYCOL / Eukaryotic translation initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Brown, C.J. / Verma, C.S. / Walkinshaw, M.D. / Lane, D.P.
引用ジャーナル: Cell Cycle / 年: 2009
タイトル: Crystallization of eIF4E complexed with eIF4GI peptide and glycerol reveals distinct structural differences around the cap-binding site.
著者: Brown, C.J. / Verma, C.S. / Walkinshaw, M.D. / Lane, D.P.
履歴
登録2009年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Database references / Other / カテゴリ: citation / pdbx_database_status
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4 GAMMA 1
F: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4 GAMMA 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,23412
ポリマ－53,9784
非ポリマー1,2568
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint-19.7 kcal/mol
Surface area23980 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)84.106, 38.201, 93.687
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR ... , 3種, 4分子 ABEF

#1: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E / MRNA CAP-BINDING PROTEIN / EIF-4F 25 KDA SUBUNIT / EIF-4E / EIF4E


分子量: 25130.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET11D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E / MRNA CAP-BINDING PROTEIN / EIF-4F 25 KDA SUBUNIT / EIF-4E / EIF4E


分子量: 25145.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET11D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06730
#3: タンパク質・ペプチド EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4 GAMMA 1 / P220 / EIF-4-GAMMA 1 / EIF-4G 1 / EIF-4G1 / EIF4GI


分子量: 1851.155 Da / 分子数: 2 / Fragment: EIF4GI BINDING MOTIF, RESIDUES 413-426 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q04637

-
非ポリマー , 5種, 173分子

#4: 化合物 ChemComp-MGO / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-3-METHYL-4-OXO-5H-IMIDAZO[4,5-C]PYRIDIN-1-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHOXY-HYDROXY-PHOSPHORYL] PHOSPHONO HYDROGEN PHOSPHATE


分子量: 537.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H20N4O14P3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 60% AMMONIUM SULPHATE, 100MM TRIS-HCL PH 8.0, 1% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 26638 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V8W

2v8w


解像度: 2.29→28.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 5.455 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1341 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 25283 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→28.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3243 0 75 165 3483
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2921.9594581
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5875383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18223.353173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.70615594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1551528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2476
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21518
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8691.51979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53123110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93231650
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2354.51471
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.35 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 103 -
Rwork0.222 1602 -
obs--87.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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