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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w8m | ||||||
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タイトル | Structure of D212, a nuclease from a fusselovirus. | ||||||
要素 | ORF D212 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / SSV1 / CRENARCHAEAL VIRUS | ||||||
機能・相同性 | D212 PD-(D/E)XK nuclease, catalytic motif / D212, catalytic domain / D212, catalytic domain superfamily / Viral/Archaeal nuclease / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ORF D212 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | SULFOLOBUS VIRUS RAGGED HILLS (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Menon, S.K. / Young, M.J. / Lawrence, C.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Virol. / 年: 2010 タイトル: The crystal structure of D212 from sulfolobus spindle-shaped virus ragged hills reveals a new member of the PD-(D/E)XK nuclease superfamily. 著者: Menon, S.K. / Eilers, B.J. / Young, M.J. / Lawrence, C.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w8m.cif.gz | 84.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w8m.ent.gz | 67.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w8m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2w8m_validation.pdf.gz | 434.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2w8m_full_validation.pdf.gz | 437.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2w8m_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2w8m_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w8/2w8m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given Matrix: (0.321, -0.155, -0.934), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25106.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) SULFOLOBUS VIRUS RAGGED HILLS (ウイルス) プラスミド: PEXP14-SSVRH D212 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6TRV5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.14 % 解説: MAD PHASE FROM THE INCORPORATED PT WAS COMBINED WITH MIR PHASES FROM BR AND PT DERIVATIVES. |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES (PH 7.5), 0.05 M K2HPO4, 10% (W/V) PEG 8000 WITH 25% GYLCEROL AS CRYOPROTECTANT |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 17143 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 32 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 2.4→29.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 14.435 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.375 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 57-67,108-112,170-175,208-212 IN CHAIN A AND 61- 68,100-106,172-174,205-212 IN CHAIN B ARE DISORDERED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.21 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.1 Å
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拘束条件 |
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