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- PDB-2w87: Xyl-CBM35 in complex with glucuronic acid containing disaccharide. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w87
タイトルXyl-CBM35 in complex with glucuronic acid containing disaccharide.
要素ESTERASE D
キーワードHYDROLASE / PLANT CELL WALL DEGRADATION / CARBOHYDRATE PROTEIN BINDING / XYLAN / CMB35 / GLUCURONIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


feruloyl esterase activity / polysaccharide binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Feruloyl esterase B/C/D / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate binding module (family 6) / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. ...Feruloyl esterase B/C/D / Carbohydrate-binding type-2, conserved site / CBM2a (carbohydrate-binding type-2) domain signature. / Cellulose binding domain / Carbohydrate binding module (family 6) / Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-glucopyranuronic acid / Unknown ligand / Esterase D
類似検索 - 構成要素
生物種CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Montainer, C. / Bueren, A.L.v. / Dumon, C. / Flint, J.E. / Correia, M.A. / Prates, J.A. / Firbank, S.J. / Lewis, R.J. / Grondin, G.G. / Ghinet, M.G. ...Montainer, C. / Bueren, A.L.v. / Dumon, C. / Flint, J.E. / Correia, M.A. / Prates, J.A. / Firbank, S.J. / Lewis, R.J. / Grondin, G.G. / Ghinet, M.G. / Gloster, T.M. / Herve, C. / Knox, J.P. / Talbot, B.G. / Turkenburg, J.P. / Kerovuo, J. / Brzezinski, R. / Fontes, C.M.G.A. / Davies, G.J. / Boraston, A.B. / Gilbert, H.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Evidence that Family 35 Carbohydrate Binding Modules Display Conserved Specificity But Divergent Function.
著者: Montanier, C. / Van Bueren, A.L. / Dumon, C. / Flint, J.E. / Correia, M.A. / Prates, J.A. / Firbank, S.J. / Lewis, R.J. / Grondin, G.G. / Ghinet, M.G. / Gloster, T.M. / Herve, C. / Knox, J.P. ...著者: Montanier, C. / Van Bueren, A.L. / Dumon, C. / Flint, J.E. / Correia, M.A. / Prates, J.A. / Firbank, S.J. / Lewis, R.J. / Grondin, G.G. / Ghinet, M.G. / Gloster, T.M. / Herve, C. / Knox, J.P. / Talbot, B.G. / Turkenburg, J.P. / Kerovuo, J. / Brzezinski, R. / Fontes, C.M.G.A. / Davies, G.J. / Boraston, A.B. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2009年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTERASE D
B: ESTERASE D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,85110
ポリマ－28,3032
非ポリマー5498
水5,477304
1
A: ESTERASE D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4265
ポリマ－14,1511
非ポリマー2744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: ESTERASE D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4265
ポリマ－14,1511
非ポリマー2744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)27.850, 45.450, 48.910
Angle α, β, γ (deg.)71.79, 89.74, 81.28
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 ESTERASE D / XYL-CBM35


分子量: 14151.377 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 160-298 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CELLVIBRIO JAPONICUS (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(STAR)DE3
参照: UniProt: Q51815, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-GCU / alpha-D-glucopyranuronic acid / alpha-D-glucuronic acid / D-glucuronic acid / glucuronic acid / α-D-グルコピラヌロン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O7
識別子タイププログラム
DGlcpAaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranuronic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpAIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcASNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細GLUCURONIC ACID CONTAINING DISACCHARIDE (GCU): SUGAR NOT CHARACTERISED. GLUCURONIC ACID CLEAR IN ...GLUCURONIC ACID CONTAINING DISACCHARIDE (GCU): SUGAR NOT CHARACTERISED. GLUCURONIC ACID CLEAR IN DENSITY, BUT IDENTITY OF SECOND SUGAR UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.9 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.4M THIOCYANATE PH 6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.06
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→24 Å / Num. obs: 30820 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.58→1.67 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2W46

2w46


解像度: 1.6→24.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.711 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 1372 5 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.145 26229 92.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å2-1.26 Å20.3 Å2
2--1.25 Å2-0.44 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1968 0 44 304 2316
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0212103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.9372905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8113.0053060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5225302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22125.90988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.53815284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.806159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022477
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.21379
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21225
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1760.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0871.51401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66422232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3363773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3444.5661
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.257 82
Rwork0.167 1738

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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