[日本語] English
万見
- PDB-2w7r: Structure of the PDZ domain of Human Microtubule associated serin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w7r
タイトルStructure of the PDZ domain of Human Microtubule associated serine- threonine kinase 4
要素MICROTUBULE-ASSOCIATED SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 4
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoskeleton organization / peptidyl-serine phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein serine/threonine kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, domain / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, pre-PK domain superfamily / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, catalytic domain / Domain of unknown function (DUF1908) / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, domain / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, pre-PK domain superfamily / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase, catalytic domain / Domain of unknown function (DUF1908) / PDZ domain 6 / PDZ domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Microtubule-associated serine/threonine-protein kinase 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Elkins, J. / Wang, J. / Savitzky, P. / Roos, A. / Salah, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. ...Muniz, J.R.C. / Elkins, J. / Wang, J. / Savitzky, P. / Roos, A. / Salah, E. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Knapp, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Unusual Binding Interactions in Pdz Domain Crystal Structures Help Explain Binding Mechanisms.
著者: Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Shrestha, L. / Phillips, C. / Wang, J. / Muniz, J.R.C. / Doyle, D.A.
履歴
登録2008年12月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MICROTUBULE-ASSOCIATED SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 4
B: MICROTUBULE-ASSOCIATED SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3993
ポリマ－21,3042
非ポリマー951
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-12.1 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.940, 100.940, 69.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.5157, -0.8555, -0.048), (-0.8489, 0.5177, -0.1064), (0.1158, -0.0141, -0.9932)
ベクター: 0.9451, 2.7267, 32.0511)

-
要素

#1: タンパク質 MICROTUBULE-ASSOCIATED SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE 4


分子量: 10652.010 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ DOMAIN, RESIDUES 1143-1234 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2
参照: UniProt: O15021, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.38 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 75MM NA PHOSPHATE, 91MM K PHOSPHATE

-
データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→29.14 Å / Num. obs: 32248 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 22.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.64→1.73 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→27.19 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1915 5.8 %
Rwork0.194 --
obs0.196 31282 95.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.11 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5078 Å20 Å20 Å2
2--2.5078 Å20 Å2
3----5.0156 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1433 0 5 139 1577
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8332073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.524507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.37221180.29811959X-RAY DIFFRACTION83
1.64-1.68430.28751280.27032003X-RAY DIFFRACTION85
1.6843-1.73390.27191240.25112112X-RAY DIFFRACTION89
1.7339-1.78990.31591340.22392141X-RAY DIFFRACTION92
1.7899-1.85380.21311440.20472211X-RAY DIFFRACTION94
1.8538-1.9280.22891390.19542247X-RAY DIFFRACTION97
1.928-2.01570.23211400.18642325X-RAY DIFFRACTION98
2.0157-2.1220.22231440.18822328X-RAY DIFFRACTION99
2.122-2.25490.21681410.17652322X-RAY DIFFRACTION100
2.2549-2.42890.21411400.18882340X-RAY DIFFRACTION100
2.4289-2.67310.24121430.19852339X-RAY DIFFRACTION100
2.6731-3.05940.22341440.20532360X-RAY DIFFRACTION100
3.0594-3.85280.19461390.17312341X-RAY DIFFRACTION100
3.8528-27.19760.1871370.17542253X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.49070.15870.0593-0.7180.22712.1218-0.1345-0.1135-0.48680.01410.0603-0.19460.3639-0.05480.07360.2510.03120.0360.10230.02690.187-19.911118.570614.8933
21.22060.012-0.88071.0875-0.84952.1309-0.120.01270.1691-0.11160.1654-0.13430.503-0.2708-0.03020.3215-0.06760.04480.1542-0.00010.2004-25.420219.80627.7091
30.877-0.32990.7721.1516-0.96471.1067-0.0538-0.084-0.3696-0.27060.1120.20710.3588-0.09470.03130.3352-0.03160.03880.1716-0.01560.2906-22.66215.98469.0718
4-0.70040.0344-0.03281.57020.21852.2026-0.0375-0.36360.0411-0.1621-0.0306-0.20330.02180.39280.06480.17140.0890.03390.25310.02630.1479-7.981528.740217.8129
5-1.26250.21730.20631.70990.27751.4192-0.0911-0.034-0.1726-0.10910.0917-0.3960.59050.41480.08230.25220.22080.1050.4190.02990.32982.38221.499514.1352
6-0.3907-0.2259-0.42921.35010.52813.3474-0.1032-0.23810.19020.090.0936-0.20780.01120.99630.08320.15950.0513-0.02220.46240.02020.2603-0.911931.256922.9971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 3:53)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 54:71)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 72:96)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 3:38)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND RESID 39:57)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESID 58:91)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る