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万見
- PDB-2w78: Structures of P. aeruginosa FpvA bound to heterologous pyoverdine... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w78
タイトルStructures of P. aeruginosa FpvA bound to heterologous pyoverdines: FpvA-Pvd(ATCC13535)-Fe complex
要素
  • FERRIPYOVERDINE RECEPTOR
  • SER-LYS-GLY-FHO-LYS-FH7-SER
キーワードRECEPTOR / FPVA / IRON / MEMBRANE / TONB BOX / TRANSPORT / SIDEROPHORE / CELL MEMBRANE / ION TRANSPORT / IRON TRANSPORT / CELL OUTER MEMBRANE / TONB-DEPENDENT TRANSPORTER
機能・相同性
機能・相同性情報


pyoverdine biosynthetic process / siderophore-iron import into cell / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. ...Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #30 / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / 3-Layer(bab) Sandwich / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Chem-PVE / Ferripyoverdine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Greenwald, J. / Nader, M. / Celia, H. / Gruffaz, C. / Meyer, J.-M. / Schalk, I.J. / Pattus, F.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Fpva Bound to Non-Cognate Pyoverdines: Molecular Basis of Siderophore Recognition by an Iron Transporter.
著者: Greenwald, J. / Nader, M. / Celia, H. / Gruffaz, C. / Geoffroy, V. / Meyer, J.-M. / Schalk, I.J. / Pattus, F.
履歴
登録2008年12月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32018年6月20日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年6月27日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 1.52019年7月10日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72019年7月31日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle ...database_PDB_caveat / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 1.82023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 22-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 23-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 22-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 23-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERRIPYOVERDINE RECEPTOR
B: FERRIPYOVERDINE RECEPTOR
C: SER-LYS-GLY-FHO-LYS-FH7-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,01917
ポリマ－173,9363
非ポリマー2,08314
水00
1
A: FERRIPYOVERDINE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8279
ポリマ－86,5561
非ポリマー1,2718
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: FERRIPYOVERDINE RECEPTOR
C: SER-LYS-GLY-FHO-LYS-FH7-SER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1928
ポリマ－87,3802
非ポリマー8126
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-43.9 kcal/mol
Surface area32120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.556, 130.937, 139.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.43, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 FERRIPYOVERDINE RECEPTOR / FPVA


分子量: 86556.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PPVR2 / 発現宿主: PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株 (発現宿主): K691 / 参照: UniProt: P48632
#2: タンパク質・ペプチド SER-LYS-GLY-FHO-LYS-FH7-SER


分子量: 823.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: PAO1 / プラスミド: PPVR2 / 発現宿主: PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株 (発現宿主): K691

-
非ポリマー , 4種, 14分子

#3: 化合物 ChemComp-N8E / 3,6,9,12,15-PENTAOXATRICOSAN-1-OL / N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / PENTAETHYLENE GLYCOL MONOOCTYL ETHER / OCTYLPENTAGLYCOL N-OCTYLPENTAOXYETHYLENE / ペンタエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 350.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O6 / コメント: C8E5, 可溶化剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PVE / (1S)-1-CARBOXY-5-[(3-CARBOXYPROPANOYL)AMINO]-8,9-DIHYDROXY-1,2,3,4-TETRAHYDROPYRIMIDO[1,2-A]QUINOLIN-11-IUM


分子量: 376.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N3O7
#6: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

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詳細

配列の詳細SIGNAL PEPTIDE (RESIDUES 1-43) IS NOT IN THE CRYSTALLIZED PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.88 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.3M NAH2PO4, 0.1M MES, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.817
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.817 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→107 Å / Num. obs: 50836 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O5P

2o5p


解像度: 3→97.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 30.657 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.377 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 2583 5.1 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.194 48251 96.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20 Å22.17 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---2.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→97.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12164 0 125 0 12289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02212608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9551.94517096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.02751529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.14824.263638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.219151971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6551578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.25186
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.28354
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3050.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0980.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7691.57759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.327212190
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08335691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3154.54906
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.351 192
Rwork0.29 3594
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8291-0.83390.53265.9872-0.60955.97710.07470.0113-0.08970.0515-0.07510.34340.48170.10110.0003-0.10760.04080.042-0.13750.0431-0.1245-10.706-31.81353.541
20.4580.1317-0.24340.914-0.39871.03230.0062-0.02930.00460.00220.0864-0.0042-0.07740.0668-0.0925-0.1239-0.04150.037-0.1328-0.0407-0.1289-5.059-0.96134.703
38.11752.0807-1.75128.90650.38049.245-0.2772-0.42350.1274-0.11840.34980.21540.0270.0325-0.0727-0.150.06610.0733-0.06990.1224-0.0437-29.9134.465-10.031
41.26130.5436-0.3031.0278-0.26360.7609-0.0960.24690.0791-0.07550.0240.0012-0.0242-0.13490.072-0.1083-0.0466-0.0066-0.0884-0.0016-0.0395-60.333-20.68714.365
51.7796-0.29310.06914.9499-1.15030.26730.03230.01190.01140.12550.02010.01950.0256-0.0871-0.0523-0.0098-0.00920.00710.0004-0.0029-0.0213-65.969-38.08420.849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A44 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2A130 - 815
3X-RAY DIFFRACTION3B44 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4B136 - 815
5X-RAY DIFFRACTION5C1 - 9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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