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- PDB-1xkh: Pyoverdine outer membrane receptor FpvA from Pseudomonas aerugino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xkh
タイトルPyoverdine outer membrane receptor FpvA from Pseudomonas aeruginosa PAO1 bound to pyoverdine
要素
  • Ferripyoverdine receptor
  • Pyoverdin C-E
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PYOVERDINE / FPVA / TONB BOX / SIDEROPHORE / CELL MEMBRANE / ION TRANSPORT / TONB DEPENDENT RECEPTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


pyoverdine biosynthetic process / siderophore-iron import into cell / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / signaling receptor activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A ...Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent siderophore receptor / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYOVERDIN C-E CHROMOPHORE / Chem-PVE / : / Ferripyoverdine receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Cobessi, D. / Celia, H. / Folschweiller, N. / Schalk, I.J. / Abdallah, M.A. / Pattus, F.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Crystal Structure of the Pyoverdine Outer Membrane Receptor FpvA from Pseudomonas aeruginosa at 3.6A Resolution
著者: Cobessi, D. / Celia, H. / Folschweiller, N. / Schalk, I.J. / Abdallah, M.A. / Pattus, F.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray analysis of the outer membrane pyoverdine receptor FpvA from Pseudomonas aeruginosa
著者: Cobessi, D. / Celia, H. / Folschweiller, N. / Heymann, M. / Schalk, I.J. / Abdallah, M.A. / Pattus, F.
履歴
登録2004年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Structure summary / Version format compliance
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 1.52015年4月22日Group: Structure summary
改定 1.62024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferripyoverdine receptor
B: Ferripyoverdine receptor
C: Ferripyoverdine receptor
I: Pyoverdin C-E
J: Pyoverdin C-E
K: Pyoverdin C-E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,45612
ポリマ－237,0386
非ポリマー1,4176
水00
1
A: Ferripyoverdine receptor
I: Pyoverdin C-E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4854
ポリマ－79,0132
非ポリマー4722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferripyoverdine receptor
J: Pyoverdin C-E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4854
ポリマ－79,0132
非ポリマー4722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ferripyoverdine receptor
K: Pyoverdin C-E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4854
ポリマ－79,0132
非ポリマー4722
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)137.451, 231.342, 121.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ferripyoverdine receptor / Pyoverdine outer membrane receptor / Selenomethionine substituted protein


分子量: 78015.758 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 129-815 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: fpva / プラスミド: PVR2 / 発現宿主: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株 (発現宿主): PAO503 / 参照: UniProt: P48632
#2: タンパク質・ペプチド Pyoverdin C-E


タイプ: Polypeptide / クラス: Metal transport / 分子量: 997.062 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: IN IRON-DEFICIENT CONDITIONS, PSEUDOMONAS AERUGINOSA SECRETES A MAJOR FLUORESCENT SIDEROPHORE NAMED PYOVERDIN (PVD), WHICH AFTER CHELATING IRON(III) IS TRANSPORTED BACK INTO THE CELL VIA ITS ...詳細: IN IRON-DEFICIENT CONDITIONS, PSEUDOMONAS AERUGINOSA SECRETES A MAJOR FLUORESCENT SIDEROPHORE NAMED PYOVERDIN (PVD), WHICH AFTER CHELATING IRON(III) IS TRANSPORTED BACK INTO THE CELL VIA ITS OUTER MEMBRANE RECEPTOR FPVA. FPVA IS A TONB-DEPENDENT TRANSPORT PROTEIN AND HAS THE ABILITY TO BIND PVD IN ITS APO- OR IRON-LOADED FORM.
由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: NOR: NOR00190, PYOVERDIN C-E CHROMOPHORE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PVE / (1S)-1-CARBOXY-5-[(3-CARBOXYPROPANOYL)AMINO]-8,9-DIHYDROXY-1,2,3,4-TETRAHYDROPYRIMIDO[1,2-A]QUINOLIN-11-IUM


タイプ: Polypeptide / クラス: Metal transport / 分子量: 376.341 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N3O7
詳細: IN IRON-DEFICIENT CONDITIONS, PSEUDOMONAS AERUGINOSA SECRETES A MAJOR FLUORESCENT SIDEROPHORE NAMED PYOVERDIN (PVD), WHICH AFTER CHELATING IRON(III) IS TRANSPORTED BACK INTO THE CELL VIA ITS ...詳細: IN IRON-DEFICIENT CONDITIONS, PSEUDOMONAS AERUGINOSA SECRETES A MAJOR FLUORESCENT SIDEROPHORE NAMED PYOVERDIN (PVD), WHICH AFTER CHELATING IRON(III) IS TRANSPORTED BACK INTO THE CELL VIA ITS OUTER MEMBRANE RECEPTOR FPVA. FPVA IS A TONB-DEPENDENT TRANSPORT PROTEIN AND HAS THE ABILITY TO BIND PVD IN ITS APO- OR IRON-LOADED FORM.
参照: PYOVERDIN C-E CHROMOPHORE
構成要素の詳細PYOVERDINES ARE A GROUP OF STRUCTURALLY RELATED SIDEROPHORES PRODUCED BY FLUORESCENT PSEUDOMONAS ...PYOVERDINES ARE A GROUP OF STRUCTURALLY RELATED SIDEROPHORES PRODUCED BY FLUORESCENT PSEUDOMONAS SPECIES. PYOVERDINE IS NECESSARY FOR INFECTION IN SEVERAL DIFFERENT DISEASE MODELS. THE OCCURRENCE OF PYOVERDINE-DEFECTIVE STRAINS IN CHRONIC INFECTIONS OF PATIENTS WITH CYSTIC FIBROSIS AND THE EXTREMELY HIGH SEQUENCE DIVERSITY OF GENES INVOLVED IN PYOVERDINE SYNTHESIS AND UPTAKE INDICATE THAT PYOVERDINE PRODUCTION IS SUBJECT TO HIGH EVOLUTIONARY PRESSURE. PYOVERDINE-DEPENDENT IRON TRANSPORT IS ALSO CRUCIAL FOR BIOFILM DEVELOPMENT, FURTHER EXPANDING THE IMPORTANCE OF THESE SIDEROPHORES IN PSEUDOMONAS BIOLOGY. HERE, PYOVERDINE-CHROMOPHORE COMPLEX IS REPRESENTED BY GROUPING TOGETHER THE SEQUENCE OF CHAIN I (SEQRES) AND THE LIGAND (HET) PVE1I.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 13-16% PEG 4000, 20-25% ethylene glycol as cryoprectant in a 0.1M sodium citrate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979413, 0.979632, 0.977801
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月3日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9794131
20.9796321
30.9778011
反射解像度: 3.6→20 Å / Num. all: 41896 / Num. obs: 41896 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.46
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ferrichrome outer membrane receptor FhuA from Escherichia coli.

解像度: 3.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.288 2090 RANDOM
Rwork0.259 --
all-41885 -
obs-41885 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.54 Å
Luzzati d res low-10 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.61 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16626 0 93 0 16719
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00996
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55855
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.73 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.41 187
Rwork0.4016 -
obs-3870

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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