PDB-2w59: STRUCTURE OF AN AVIAN IGY-FC 3-4 FRAGMENT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w59

タイトル

STRUCTURE OF AN AVIAN IGY-FC 3-4 FRAGMENT

要素

IGY FCU3-4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / AVIAN / IGY FC

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

GALLUS GALLUS (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Fabiane, S.M. / Taylor, A.I. / Sutton, B.J. / Calvert, R.A.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structure of an Avian Igy-Fc Fragment Reveals Conservation with Both Mammalian Igg and Ige.
著者: Taylor, A.I. / Fabiane, S.M. / Sutton, B.J. / Calvert, R.A.

履歴

登録	2008年12月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年7月12日	Group: Advisory / カテゴリ: database_PDB_caveat
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w59.cif.gz	206 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w59.ent.gz	164.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w59.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2w59_validation.pdf.gz	1015.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w59_full_validation.pdf.gz	1023.1 KB	表示
XML形式データ	2w59_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	2w59_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/2w59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w5/2w59	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1o0vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5w5l-d 3h9z-1 2yfw-d 2rgs-d 5w5m-d 6kru-1 5d4q-d 3ha0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IGY FCU3-4

B: IGY FCU3-4

ヘテロ分子

52.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.481, 80.140, 99.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

IGY FCU3-4

分子量: 25492.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

GALLUS GALLUS (ニワトリ) / プラスミド: PRY / 細胞株 (発現宿主): NS0 / 発現宿主:

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

MUTATION C340S

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.88 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: FCU3-4 AT 3MG/ML, 40MM POTASSIUM PHOSPHATE, 16% PEG8000, 20% GLYCEROL. 100NL DROPS DISPENSED BY A MOSQUITO ROBOT ON MRC/WILDEN PLATES. PLATES KEPT AT 255K.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9698
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月25日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9698 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→69.5 Å / Num. obs: 56233 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O0V

1o0v

解像度: 1.75→49.57 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: 22 TLS GROUPS. REFINEMENT SOFTWARE ADDS THE TLS COMPONENT TO THE ANISOU RECORD OF THE PDB FILE. ATOMIC TEMPERATURE FACTORS WERE NOT REFINED ANISOTROPICALLY.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	2818	5 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.171	56158	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 57.4 Å² / k_sol: 0.37 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.2408 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.3371 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.0963 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→49.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3372	0	114	556	4042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3628
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	4953
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.421	1369
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	572
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	623

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7802	0.248	135	0.2236	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7802-1.8126	0.2427	132	0.2127	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8126-1.8474	0.2271	144	0.2083	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8474-1.8851	0.2348	139	0.1965	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.9261	0.2092	147	0.1787	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9261-1.9709	0.1705	121	0.1647	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0202	0.1796	136	0.1574	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0202-2.0748	0.188	146	0.1532	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1359	0.185	153	0.153	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1359-2.2048	0.1825	149	0.1583	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2836	0.1827	137	0.1564	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2836-2.3751	0.1929	151	0.1638	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.4832	0.227	157	0.1706	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4832-2.6141	0.206	156	0.1684	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6141-2.7778	0.2045	128	0.1681	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7778-2.9923	0.2066	131	0.1613	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9923-3.2934	0.1755	135	0.1565	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2934-3.7698	0.1738	130	0.1484	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7698-4.7489	0.1482	137	0.1403	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7489-49.5872	0.2183	154	0.2014	2714	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0382	-0.2531	0.3785	1.189	-0.3731	0.7053	-0.0039	-0.1193	-0.2047	0.4559	-0.2309	-0.4557	-0.0859	0.0496	-0.0289	0.1788	0.0106	0.0081	0.2202	0.1175	0.2673	-3.4654	-1.8983	4.937
2	1.4351	0.0981	-0.6055	0.8619	-0.2956	0.4031	0.1828	-0.0585	-0.1399	0.2501	-0.1415	-0.4823	0.2996	0.8108	-0.0003	0.3683	0.063	-0.0448	0.4378	0.1501	0.426	8.9129	-4.1081	11.2523
3	-0.0148	-0.0249	-0.0396	0.1118	0.0819	0.0417	-0.1676	0.8033	0.008	-0.2296	0.037	-0.541	-0.2376	0.3556	0.002	0.7306	-0.1103	0.4346	0.8523	0.2127	0.862	9.683	-2.9934	-5.7904
4	3.8397	-0.6625	-0.3808	2.0774	-0.5014	-0.053	0.1522	0.1708	0.464	0.4776	-0.2953	-0.4286	0.0698	0.7237	-0.0014	0.3313	-0.0208	0.0649	0.1875	0.0692	0.3663	3.2477	0.0482	8.5958
5	1.0982	-0.2091	-1.3394	1.0841	0.0629	1.0283	0.3748	-0.2616	-0.7678	0.4434	-0.187	-0.4733	0.9671	0.3689	0.0075	0.4356	0.0837	-0.0334	0.3507	0.0615	0.468	7.4878	-10.5574	8.8267
6	0.5375	0.3601	0.232	1.9182	0.2738	1.646	-0.0888	-0.022	-0.1099	-0.0927	0.0285	-0.0791	0.177	0.0005	0	0.049	0.0165	0.0259	0.0568	0.0002	0.0338	-27.2168	-3.1792	6.9014
7	1.4642	-0.4051	-0.1503	0.7294	-0.1808	2.4956	0.0386	0.0422	0.0024	-0.1377	-0.0781	-0.214	-0.0528	0.0437	-0.0096	-0.0002	0.018	0.0303	0.0572	-0.0056	0.0146	-21.3082	0.3818	7.4494
8	5.1349	-1.1878	-0.0458	1.8794	-4.3327	4.2435	-0.1261	1.072	-1.7631	-0.7334	0.0652	0.4413	1.9762	-0.1437	0.3163	0.5046	0.0139	0.0788	0.1914	-0.1543	0.4089	-20.7916	-18.1635	1.8151
9	0.7769	0.2735	0.2655	0.6098	-0.1569	1.0297	-0.0394	0.0719	0.1387	-0.0761	-0.0685	-0.097	-0.1337	-0.1903	-0.2388	0.0094	0.0246	0.0466	0.0412	0.0246	-0.0083	-27.6043	5.8736	8.1885
10	0.5609	0.7589	0.6109	1.1552	0.1944	1.8469	-0.0761	0.5245	-0.4242	-0.3524	-0.153	0.2136	-0.0064	-0.3865	-0.0068	0.1252	0.04	0.0134	0.1751	-0.015	0.0656	-26.0837	2.3834	-2.3793
11	0.1358	-1.0486	0.4347	1.5474	-0.3219	1.6555	-0.1	0.2606	0.1485	-0.2306	-0.0656	-0.4872	-0.0168	0.3719	0	0.1006	-0.049	0.0094	0.1788	0.0458	0.1669	-18.4362	-18.4064	32.8963
12	0.6437	0.2686	1.0473	2.4028	-0.5793	1.9936	-0.2337	0.0928	-0.0539	0.3182	-0.0229	-0.8205	0.5139	0.3257	0.0003	0.1667	0.0254	-0.0285	0.2629	0.0376	0.2933	-7.9651	-22.5529	39.9667
13	0.3998	-0.2411	0.5372	0.3585	0.0417	0.2876	0.4685	0.7375	-0.2217	0.0061	-0.4005	-0.3143	0.4861	-0.3833	-0.0005	0.3422	0.0697	0.017	0.1919	-0.0211	0.2644	-10.9852	-29.9234	35.7628
14	1.9424	1.0674	2.2706	3.306	-1.0239	2.1186	-0.1787	0.2792	-0.1885	-0.3022	-0.0392	-0.663	0.2846	0.4938	-0.0444	0.1247	-0.0183	0.0551	0.1619	0.0334	0.1377	-12.9981	-21.7236	34.5366
15	2.3647	-2.2312	0.8848	3.9635	-0.8961	1.0282	0.0025	0.1009	1.0013	-0.0422	-0.1384	-1.6156	-0.1811	0.7995	-0.0137	0.0847	-0.0408	-0.0704	0.3636	-0.0141	0.5944	-3.0467	-17.8543	41.2535
16	1.3463	-0.5375	0.2405	1.8523	-0.2551	0.4395	-0.1372	0.0664	0.0487	-0.1702	-0.009	0.0457	-0.2949	-0.089	-0.004	0.0204	-0.0432	0.004	0.0757	0.0091	0.003	-30.5036	-6.4936	19.0667
17	1.9018	-0.3318	0.2094	1.7836	-0.5077	3.2782	0.007	-0.1242	-0.1383	0.0614	-0.0318	-0.101	0.1322	-0.0461	0.0006	-0.0087	0.0026	-0.0033	0.06	0.0295	-0.0157	-27.7009	-9.5402	19.7887
18	2.1792	-0.0067	-0.0551	-0.2179	-0.0784	0.5049	0.2527	0.0181	-1.0282	-0.6296	0.1166	0.095	0.6666	0.0669	-0.0154	0.2281	-0.1006	-0.0971	0.141	-0.029	0.1836	-39.136	-18.9015	5.5313
19	0.4534	-0.3019	-0.6166	0.9281	-0.0328	0.3517	-0.0203	-0.1502	-0.0876	0.0584	-0.0593	0.1362	0.0713	-0.149	0.0005	0.0156	-0.0468	-0.0174	0.1007	0.0208	0.0579	-37.3887	-12.5786	19.571
20	0.2893	-0.0208	-0.1275	0.8577	0.2252	0.1832	-0.1772	-0.4375	0.0817	0.0773	0.0897	0.3541	-0.7069	-1.1453	-0.001	0.1234	0.0294	-0.01	0.2924	-0.0017	0.1318	-40.7759	-10.2951	21.8895
21	0.0936	0.0055	-0.0506	0.311	0.1392	0.1036	-0.0984	0.0428	-0.0896	-0.3007	0.5406	-1.1111	-0.0963	0.2371	0.0107	0.7758	-0.054	0.2378	0.8606	0.2612	0.4904	-4.8258	-18.0651	24.5497
22	-0.0393	-0.0082	-0.0218	-0.0091	0.0564	0.1184	0.6146	0.083	0.159	-0.0159	0.1813	0.1891	-0.4815	-0.0225	-0.0055	0.7824	-0.1475	0.2826	1.0479	0.1795	0.5353	-1.9941	-3.6186	20.4753

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND RESID 349:370)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND RESID 371:390)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND RESID 391:396)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND RESID 397:427)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND RESID 428:449)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND RESID 450:486)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND RESID 487:515)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND RESID 516:525)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND RESID 526:550)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND RESID 551:566)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND RESID 349:370)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND RESID 371:395)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN B AND RESID 396:403)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND RESID 404:427)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND RESID 428:444)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN B AND RESID 445:484)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN B AND RESID 485:531)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN B AND RESID 532:537)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN B AND RESID 538:553)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN B AND RESID 554:566)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	CHAIN C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	CHAIN D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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