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- PDB-2rgs: FC-fragment of monoclonal antibody IGG2B from Mus musculus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rgs
タイトルFC-fragment of monoclonal antibody IGG2B from Mus musculus
要素Ig gamma-2B heavy chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fc-fragment / immunoglobulin / glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / phagocytosis, recognition / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of immune response / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy constant gamma 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Kolenko, P. / Duskova, J. / Skalova, T. / Dohnalek, J. / Hasek, J.
引用ジャーナル: Immunology / 年: 2008
タイトル: New insights into intra- and intermolecular interactions of immunoglobulins: crystal structure of mouse IgG2b-Fc at 2.1-A resolution
著者: Kolenko, P. / Dohnalek, J. / Duskova, J. / Skalova, T. / Collard, R. / Hasek, J.
履歴
登録2007年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig gamma-2B heavy chain
B: Ig gamma-2B heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,3134
ポリマ－49,0622
非ポリマー3,2512
水9,602533
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7930 Å2
ΔGint59 kcal/mol
Surface area22000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.946, 63.956, 72.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 Ig gamma-2B heavy chain / Ig gamma-2B chain C region / membrane-bound form / Ig gamma-2B chain C


分子量: 24530.783 Da / 分子数: 2 / 断片: Fc-fragment / 由来タイプ: 天然 / 詳細: specific for carbonic anhydrase / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: MYELOMA NS-0 AND MICE SPLEEN CELLS HYBRIDOME / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01867
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-1-2-1-3-4/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.48 %
結晶化温度: 301 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG2000, 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9168 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9168 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 34014 / Num. obs: 34014 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rsym value: 0.113 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Num. unique all: 2820 / Rsym value: 0.449 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FC-FRAGMENT OF PDB ENTRY 1IGT

1igt


解像度: 2.13→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / SU B: 3.445 / SU ML: 0.094 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: thoughout / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.21 / 立体化学のターゲット値: REFMAC5 Dictionaries
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS BUT NOT INCLUDED IN REFINEMENT OUTPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 1670 -RANDOM
Rwork0.2006 ---
all0.20148 34014 --
obs0.20148 34014 97.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.871 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.21 Å20 Å20.26 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----1.81 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.247 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3293 0 220 533 4046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5552.0285070
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1125415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.87725.226155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.94315624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5941513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2629
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022603
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22507
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2630.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.921.52170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51123482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06331714
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1684.51587

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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