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- PDB-5w5m: Crystal structure of human IgG4-Sigma1 Fc fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w5m
タイトルCrystal structure of human IgG4-Sigma1 Fc fragment
要素Immunoglobulin heavy constant gamma 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / FC / IMMUNOGLOBULIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade ...IgG immunoglobulin complex / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Immunoglobulin heavy constant gamma 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Armstrong, A.A. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Antibodies / 年: 2017
タイトル: Functional, Biophysical, and Structural Characterization of Human IgG1 and IgG4 Fc Variants with Ablated Immune Functionality.
著者: Tam, S.H. / McCarthy, S.G. / Armstrong, A.A. / Somani, S. / Wu, S.J. / Liu, X. / Gervais, A. / Ernst, R. / Saro, D. / Decker, R. / Luo, J. / Gilliland, G.L. / Chiu, M.L. / Scallon, B.J.
履歴
登録2017年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.type / _citation.journal_volume ..._chem_comp.type / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin heavy constant gamma 4
B: Immunoglobulin heavy constant gamma 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,5557
ポリマ－50,0602
非ポリマー3,4945
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint69 kcal/mol
Surface area21480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.740, 78.390, 97.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Immunoglobulin heavy constant gamma 4 / Ig gamma-4 chain C region


分子量: 25030.170 Da / 分子数: 2 / 断片: Sigma1 Fc fragment, UNP residues 106-327 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG4 / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01861
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f2-g1_g4-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 9% (w/v) PEG 20K, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.697 Å / Num. obs: 45491 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 18.59
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / Num. unique obs: 3348 / CC1/2: 0.898 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1428精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→32.697 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2248 2155 4.74 %
Rwork0.182 --
obs0.184 45473 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.697 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3296 0 236 215 3747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0123669
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4385017
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2541394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.94430.30521470.24572856X-RAY DIFFRACTION100
1.9443-1.99290.28861480.24032851X-RAY DIFFRACTION100
1.9929-2.04680.3261430.23792876X-RAY DIFFRACTION100
2.0468-2.1070.27081410.21832845X-RAY DIFFRACTION100
2.107-2.1750.29491430.21842857X-RAY DIFFRACTION99
2.175-2.25270.25821210.20982883X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.34280.26931520.21452871X-RAY DIFFRACTION100
2.3428-2.44940.23341560.212865X-RAY DIFFRACTION100
2.4494-2.57850.2751400.21082885X-RAY DIFFRACTION100
2.5785-2.740.27031630.20952859X-RAY DIFFRACTION99
2.74-2.95140.22641360.20912876X-RAY DIFFRACTION99
2.9514-3.24820.24681540.20712926X-RAY DIFFRACTION100
3.2482-3.71770.24781380.17572919X-RAY DIFFRACTION99
3.7177-4.68170.16871360.14622907X-RAY DIFFRACTION98
4.6817-32.70160.16621370.14633042X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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