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- PDB-2w55: Crystal Structure of Xanthine Dehydrogenase (E232Q variant) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w55
タイトルCrystal Structure of Xanthine Dehydrogenase (E232Q variant) from Rhodobacter capsulatus in Complex with Hypoxanthine
要素(XANTHINE DEHYDROGENASE) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / XDH / GOUT / IRON / XANTHINE / IRON-SULFUR / MOLYBDENUM COFACTOR / HYPOXANTHINE / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


1.1.1.204 / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Xanthine dehydrogenase, small subunit, bacteria / Xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding subunit / Xanthine dehydrogenase, small subunit / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding ...Xanthine dehydrogenase, small subunit, bacteria / Xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding subunit / Xanthine dehydrogenase, small subunit / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Enolase-like; domain 1 / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HYPOXANTHINE / Chem-XAX / Xanthine dehydrogenase / Xanthine dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Doebbler, J.A. / Truglio, J.J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Mechanism of Substrate and Inhibitor Binding of Rhodobacter Capsulatus Xanthine Dehydrogenase.
著者: Dietzel, U. / Kuper, J. / Doebbler, J.A. / Schulte, A. / Truglio, J.J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C.
履歴
登録2008年12月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XANTHINE DEHYDROGENASE
B: XANTHINE DEHYDROGENASE
C: XANTHINE DEHYDROGENASE
D: XANTHINE DEHYDROGENASE
E: XANTHINE DEHYDROGENASE
F: XANTHINE DEHYDROGENASE
G: XANTHINE DEHYDROGENASE
H: XANTHINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)537,45032
ポリマ－529,5908
非ポリマー7,86024
水77543
1
A: XANTHINE DEHYDROGENASE
B: XANTHINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3638
ポリマ－132,3982
非ポリマー1,9656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-34.9 kcal/mol
Surface area49430 Å2
手法PQS
2
C: XANTHINE DEHYDROGENASE
D: XANTHINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3638
ポリマ－132,3982
非ポリマー1,9656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-34.1 kcal/mol
Surface area49590 Å2
手法PQS
3
E: XANTHINE DEHYDROGENASE
F: XANTHINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3638
ポリマ－132,3982
非ポリマー1,9656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-34.9 kcal/mol
Surface area49690 Å2
手法PQS
4
G: XANTHINE DEHYDROGENASE
H: XANTHINE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,3638
ポリマ－132,3982
非ポリマー1,9656
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8080 Å2
ΔGint-36.8 kcal/mol
Surface area49350 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.741, 140.568, 157.606
Angle α, β, γ (deg.)109.45, 106.10, 101.09
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H
13B
23D
33F
43H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUPROPRO4AA2 - 4622 - 462
21GLUGLUPROPRO4CC2 - 4622 - 462
31GLUGLUPROPRO4EE2 - 4622 - 462
41GLUGLUPROPRO4GG2 - 4622 - 462
12SERSERALAALA4BB2 - 7772 - 777
22SERSERALAALA4DD2 - 7772 - 777
32SERSERALAALA4FF2 - 7772 - 777
42SERSERALAALA4HH2 - 7772 - 777
13HPAHPAHPAHPA1BN1780
33HPAHPAHPAHPA1FZ1780
23HPAHPAHPAHPA1DT1780
43HPAHPAHPAHPA1HFA1780

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.01845, -0.7891, 0.614), (-0.795, -0.3609, -0.4876), (0.6064, -0.4971, -0.6206)0.2342, 0.03739, -0.157
2given(0.327, -0.7158, -0.617), (0.8697, -0.02757, 0.4928), (-0.3698, -0.6978, 0.6135)89.49, -24.41, 10.54
3given(-0.9268, -0.3757, -0.001493), (-0.3757, 0.9268, -0.000154), (0.001442, 0.000418, -1)23.48, -67.02, 60.41
4given(-0.03254, -0.7883, 0.6145), (-0.7853, -0.3601, -0.5036), (0.6182, -0.499, -0.6073)-0.00545, 0.1665, 0.09686
5given(0.3338, -0.7139, -0.6156), (0.8611, -0.03473, 0.5073), (-0.3835, -0.6994, 0.6031)89.11, -24.8, 11.68
6given(-0.9268, -0.3755, -0.006569), (-0.3755, 0.9268, 0.000266), (0.005989, 0.002713, -1)23.63, -67.05, 60.34

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
XANTHINE DEHYDROGENASE


分子量: 49420.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
プラスミド: PSL207 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP1000 / 参照: UniProt: O54050, 1.1.1.204
#2: タンパク質
XANTHINE DEHYDROGENASE


分子量: 82977.047 Da / 分子数: 4 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOBACTER CAPSULATUS (バクテリア)
プラスミド: PSL207 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TP1000 / 参照: UniProt: O54051, 1.1.1.204

-
非ポリマー , 6種, 67分子

#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物
ChemComp-XAX / {[(5aR,8R,9aR)-2-amino-4-oxo-6,7-di(sulfanyl-kappaS)-3,5,5a,8,9a,10-hexahydro-4H-pyrano[3,2-g]pteridin-8-yl]methyl dihydrogenato(2-) phosphate}(hydroxy)oxo(thioxo)molybdenum


分子量: 554.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13MoN5O8PS3
#6: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#7: 化合物
ChemComp-HPA / HYPOXANTHINE / ヒポキサンチン


分子量: 136.111 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 232 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 232 TO GLN ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 232 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, GLU 232 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, GLU 232 TO GLN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, GLU 232 TO GLN
配列の詳細E232Q VARIANT

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.25 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 100 MM TRIS PH 8.3, 6-8 % PEG 8000, 6-8 MM BACL, 5-25 MM DTT, 3-4 % ISOPROPANOL, 10-15 MG/ML PROTEIN IN A 1:2 RATIO WITH THE RESERVOIR SOLUTION, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: A DOUBLY FOCUSING TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 83695 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0055精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JRO

1jro


解像度: 3.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 64.606 / SU ML: 0.48 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.633 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 4451 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.223 83695 93.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20.25 Å2-4.1 Å2
2---0.96 Å2-2.4 Å2
3----3.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数36364 0 400 43 36807
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02237560
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0821.9751048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.27754824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.1522.5931620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.007155780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.29115368
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.25652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02128932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0951.523988
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.184238108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.327313572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5724.512924
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
31B10tight positional0.010.05
33F10tight positional0.010.05
32D10tight positional00.05
34H10tight positional0.010.05
11A3367medium positional0.30.5
12C3367medium positional0.310.5
13E3367medium positional0.310.5
14G3367medium positional0.30.5
21B5716medium positional0.290.5
22D5716medium positional0.290.5
23F5716medium positional0.310.5
24H5716medium positional0.290.5
31B10tight thermal0.050.5
33F10tight thermal0.030.5
32D10tight thermal0.050.5
34H10tight thermal0.040.5
11A3367medium thermal0.122
12C3367medium thermal0.172
13E3367medium thermal0.132
14G3367medium thermal0.132
21B5716medium thermal0.162
22D5716medium thermal0.182
23F5716medium thermal0.172
24H5716medium thermal0.162
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 223 -
Rwork0.291 4208 -
obs--64.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8299-0.70651.01623.2386-0.55682.6209-0.07510.40170.3407-0.24050.12330.363-0.6190.0011-0.04810.2176-0.04910.00460.18650.08920.244510.121326.3447-9.5404
21.4208-0.41881.03991.45260.57193.206-0.0630.01630.5066-0.12970.05480.3719-0.6155-0.09710.00810.6303-0.0340.06990.16860.06730.65745.682252.67742.7313
30.53360.19910.17111.07770.38940.8578-0.006-0.18370.18910.17630.0609-0.1114-0.24750.1659-0.05490.1676-0.0390.0040.1931-0.0450.15717.797815.791519.0264
42.2429-0.81271.3583.3347-0.01782.4334-0.18-0.04690.219-0.0599-0.11440.3188-0.2783-0.46020.29440.03420.0512-0.04650.1985-0.06620.2193-26.8127-12.6164-0.9522
52.1503-1.45280.4414.0541.75633.01690.09110.2940.1932-0.2178-0.14430.1589-0.0417-0.34310.05310.01610.0214-0.02380.3566-0.01330.1135-40.1785-24.7538-24.0892
60.74940.44460.3741.08280.40130.82670.03980.1149-0.16370.0019-0.0018-0.10710.16610.1113-0.03810.04210.03620.00590.10610.00050.0506-1.1631-29.1066-8.4074
72.06570.32971.38834.90181.10891.663-0.05790.04190.592-0.0284-0.0463-0.5374-0.48260.38610.10420.4106-0.18660.19830.38380.01070.388725.627569.431161.6628
81.30610.08891.00243.7126-0.60862.23730.0235-0.08760.47580.1129-0.0385-0.4192-0.39210.64660.0150.1182-0.19570.12690.6584-0.12910.423542.508963.295584.879
90.8705-0.36550.42210.5541-0.09861.18490.0593-0.08-0.1147-0.09860.0579-0.01450.12760.0636-0.11720.1279-0.02690.03850.10180.0270.06288.340844.371168.9007
102.79740.83911.29763.28050.50592.4235-0.0438-0.45380.44740.35330.0121-0.1555-0.3883-0.09350.03170.40470.03140.18260.20460.01040.3105-22.79491.505869.9482
111.48340.5051.54071.386-0.28913.7356-0.0856-0.01440.5140.11460.0261-0.2061-0.38020.01490.05940.52720.09340.16540.16370.03660.6935-28.5621117.583857.688
120.9222-0.250.47120.7076-0.35040.8796-0.00170.12670.1571-0.04280.07210.2076-0.0403-0.1646-0.07040.20040.00560.11070.12890.0890.2109-25.956878.855941.3864
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2A179 - 462
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 777
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 166
5X-RAY DIFFRACTION5C179 - 462
6X-RAY DIFFRACTION6D2 - 777
7X-RAY DIFFRACTION7E1 - 166
8X-RAY DIFFRACTION8E179 - 462
9X-RAY DIFFRACTION9F2 - 777
10X-RAY DIFFRACTION10G1 - 166
11X-RAY DIFFRACTION11G179 - 462
12X-RAY DIFFRACTION12H2 - 777

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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