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- PDB-2w2e: 1.15 Angstrom crystal structure of P.pastoris aquaporin, Aqy1, in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w2e
タイトル1.15 Angstrom crystal structure of P.pastoris aquaporin, Aqy1, in a closed conformation at pH 3.5
要素AQUAPORIN PIP2-7 7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / YEAST / GATING
機能・相同性
機能・相同性情報


water channel activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Aquaporin transporter / Major intrinsic protein, conserved site / MIP family signature. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Fischer, G. / Kosinska-Eriksson, U. / Aponte-Santamaria, C. / Palmgren, M. / Geijer, C. / Hedfalk, K. / Hohmann, S. / de Groot, B.L. / Neutze, R. / Lindkvist-Petersson, K.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of a Yeast Aquaporin at 1.15 A Reveals a Novel Gating Mechanism.1.15 A
著者: Fischer, G. / Kosinska-Eriksson, U. / Aponte-Santamaria, C. / Palmgren, M. / Geijer, C. / Hedfalk, K. / Hohmann, S. / De Groot, B.L. / Neutze, R. / Lindkvist-Petersson, K.
履歴
登録2008年10月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月11日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status ...pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AQUAPORIN PIP2-7 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,79310
ポリマ－29,9321
非ポリマー1,8619
水2,576143
1
A: AQUAPORIN PIP2-7 7
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN PIP2-7 7
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN PIP2-7 7
ヘテロ分子

A: AQUAPORIN PIP2-7 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,17240
ポリマ－119,7304
非ポリマー7,44236
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area28610 Å2
ΔGint-173.1 kcal/mol
Surface area37450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.447, 91.447, 80.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1281-

CL

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要素

#1: タンパク質 AQUAPORIN PIP2-7 7 / AQY1 / AQUAPORIN


分子量: 29932.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) KOMAGATAELLA PASTORIS (菌類) / 株: X33 / 参照: UniProt: F2QVG4
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 3.5
詳細: 28% PEG400, 100 MM SODIUM CITRATE PH=3.5, 200 MM LITHIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→20 Å / Num. obs: 111455 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.31
反射 シェル解像度: 1.15→1.2 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J4N

1j4n


解像度: 1.15→20 Å / Num. parameters: 20766 / Num. restraintsaints: 27331 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: H-ATOMS ADDED TO ALL RESIDUES AS A RIDING MODEL, EXCEPT TO THE ONES SURROUNDING THE WATER CHANNEL TO BE ABLE TO OBSERVE DIFFERENCE IN DENSITY. SIDECHAINS OF RESIDUES GLN12, GLU14 AND ARG236 ...詳細: H-ATOMS ADDED TO ALL RESIDUES AS A RIDING MODEL, EXCEPT TO THE ONES SURROUNDING THE WATER CHANNEL TO BE ABLE TO OBSERVE DIFFERENCE IN DENSITY. SIDECHAINS OF RESIDUES GLN12, GLU14 AND ARG236 COULD NOT BE OBSERVED WITH SUFFICIENT OCCUPANCY - OCCUPANCY FOR THE NON-OBSERVED ATOMS WAS SET TO 0. SIDE-CHAINS OF RESIDUES ASP77 AND ARG123 COULD ONLY BE OBSERVED WITH PARTIAL OCCUPANCY AND THUS SET TO AN OCCUPANCY OF 0.5. 10 N-TERMINAL AND 6 C-TERMINAL RESIDUES COULD NOT BE OBSERVED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 5573 5 %RANDOM
obs0.14 -90 %-
all-105882 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 9 / Occupancy sum hydrogen: 1936.39 / Occupancy sum non hydrogen: 2192.03
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 123 143 2267
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.023
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.078
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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