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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w29 | ||||||
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タイトル | Gly102Thr mutant of Rv3291c | ||||||
要素 | PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / DNA-BINDING / MUTANT / TRANSCRITION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amino acid binding / response to amino acid / protein homooligomerization / sequence-specific DNA binding / DNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Shrivastava, T. / Dey, S. / Ravishankar, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009 タイトル: Ligand-Induced Structural Transitions, Mutational Analysis, and 'Open' Quaternary Structure of the M. Tuberculosis Feast/Famine Regulatory Protein (Rv3291C). 著者: Shrivastava, T. / Dey, A. / Ramachandran, R. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "CB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w29.cif.gz | 119 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w29.ent.gz | 96.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w29.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2w29_validation.pdf.gz | 426.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2w29_full_validation.pdf.gz | 451.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2w29_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2w29_validation.cif.gz | 23.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/2w29 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w2/2w29 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16574.648 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PET21D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P96896 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLY 102 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLY 102 TO THR ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 / 詳細: pH 6.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.1→70 Å / Num. obs: 23928 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 4.1→4.32 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 83.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2IVM 解像度: 4.1→20 Å / 交差検証法: 2 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 4.1→20 Å
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