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万見
- PDB-2w25: Crystal structure of Glu104Ala mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w25
タイトルCrystal structure of Glu104Ala mutant
要素PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / MUTANT / RV3291C / GLU104ALA / DNA-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid binding / response to amino acid / protein homooligomerization / sequence-specific DNA binding / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-responsive regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Shrivastava, T. / RAmachandran, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Ligand-Induced Structural Transitions, Mutational Analysis, and 'Open' Quaternary Structure of the M. Tuberculosis Feast/Famine Regulatory Protein (Rv3291C).
著者: Shrivastava, T. / Dey, A. / Ramachandran, R.
履歴
登録2008年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details ..._exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9452
ポリマ－32,9452
非ポリマー00
水1,29772
1
A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN

A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN

A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN

A: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
B: PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7808
ポリマ－131,7808
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area33270 Å2
ΔGint-137.32 kcal/mol
Surface area48950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.650, 100.650, 99.306
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2014-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN / LEUCINE-RESPONSIVE REGULATORY PROTEIN / RV3291C


分子量: 16472.561 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: PET21D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P96896
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 104 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, GLU 104 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.22 % / 解説: NONE
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6.0, reservoir: 100 mM 4-morpholineethanesulfonic acid (Mes), pH 6.0, 0.75 M lithium acetate (LiAc)

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→20 Å / Num. obs: 25538 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.15→2.32 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IVM

2ivm


解像度: 2.15→71.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1367 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.217 24011 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→71.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2231 0 0 72 2303
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2691.9733077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8915292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69622.277101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.47215366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5461530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2420.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021706
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21530
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.278
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3820.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2780.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1811.51467
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23422361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8243792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.614.5716
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.361 93
Rwork0.329 1931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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