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万見
- PDB-2qz8: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Leucine response ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qz8
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Leucine response regulatory protein (LrpA)
要素Probable transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / Leucine responsive regulatory protein / HTH motif / Global transcriptional regulator / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / PSI / Protein Structure Initiative / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid binding / response to amino acid / protein homooligomerization / sequence-specific DNA binding / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-responsive regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Manchi, C.M.R. / Gokulan, K. / Ioerger, T. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis LrpA, a leucine-responsive global regulator associated with starvation response.
著者: Reddy, M.C. / Gokulan, K. / Jacobs, W.R. / Ioerger, T.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2007年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulatory protein
B: Probable transcriptional regulatory protein
C: Probable transcriptional regulatory protein
D: Probable transcriptional regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7824
ポリマ－65,7824
非ポリマー00
水4,774265
1
A: Probable transcriptional regulatory protein
B: Probable transcriptional regulatory protein
C: Probable transcriptional regulatory protein
D: Probable transcriptional regulatory protein

A: Probable transcriptional regulatory protein
B: Probable transcriptional regulatory protein
C: Probable transcriptional regulatory protein
D: Probable transcriptional regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5648
ポリマ－131,5648
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area31660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.284, 149.900, 62.506
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulatory protein / Leucine-responsive regulatory protein


分子量: 16445.492 Da / 分子数: 4 / 変異: A22V, L108M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: lrp, MT3390, Rv3291c / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P96896
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 291.5 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: 70mM Sodium acetate, 20% Glycerol, 5.6% PEG 4000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.96400, 1.00000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月21日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9641
211
反射解像度: 2.16→105.41 Å / Num. obs: 67785 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.88 % / Biso Wilson estimate: 27.273 Å2 / Rsym value: 0.0261 / Net I/σ(I): 30.1
反射 シェル解像度: 2.16→2.26 Å / 冗長度: 1.73 % / Rmerge(I) obs: 0.0521 / Mean I/σ(I) obs: 16.7 / Rsym value: 0.055 / % possible all: 89.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.16→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 5.495 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Friedel pairs were used in phasing and refinement. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Program REFMAC 5.2.0005 has also been used in refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 3781 5.58 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
obs0.2156 67785 95.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.949 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4532 0 0 265 4797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal targetWeight
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0050466.971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.74301610.699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0560.012216.139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.17 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.2368 39 -
obs--7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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