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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w12 | |||||||||
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タイトル | High-resolution crystal structure of the P-I snake venom metalloproteinase BaP1 in complex with a peptidomimetic: insights into inhibitor binding | |||||||||
要素 | ZINC METALLOPROTEINASE BAP1 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / METAL-BINDING / ZINC-DEPENDING / METALLOPROTEASE / METALLOPROTEINASE-INHIBITOR COMPLEX / ZINC / TOXIN / SECRETED / PROTEASE / HYDROLASE / P-I SNAKE VENOM METALLOPROTEINASE / METZINCIN / CHEMOTAXIS / ADAMALYSIN / ENDOPEPTIDASE / ALPHA-BETA PROTEIN / MATRIXMETALLOPROTEINASE / TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA CONVERTING ENZYME / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / HYDROLASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / metalloendopeptidase activity / chemotaxis / toxin activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BOTHROPS ASPER (ヘビ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å | |||||||||
データ登録者 | Lingott, T.J. / Schleberger, C. / Gutierrez, J.M. / Merfort, I. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009 タイトル: High-Resolution Crystal Structure of the Snake Venom Metalloproteinase Bap1 Complexed with a Peptidomimetic: Insight Into Inhibitor Binding. 著者: Lingott, T.J. / Schleberger, C. / Gutierrez, J.M. / Merfort, I. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003 タイトル: Amino Acid Sequence and Crystal Structure of Bap1, a Metalloproteinase from Bothrops Asper Snake Venom that Exerts Multiple Tissue-Damaging Activities. 著者: Watanabe, L. / Shannon, J.D. / Valente, R.H. / Rucavado, A. / Alape-Giron, A. / Kamiguti, A.S. / Theakston, R.D.G. / Fox, J.W. / Gutierrez, J.M. / Arni, R.K. | |||||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | |||||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2w12.cif.gz | 67.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2w12.ent.gz | 47.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2w12.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2w12_validation.pdf.gz | 784.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2w12_full_validation.pdf.gz | 785.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2w12_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2w12_validation.cif.gz | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w12 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w1/2w12 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22770.740 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 193-394 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOTHROPS ASPER (ヘビ) / Secretion: VENOM 参照: UniProt: P83512, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-WR2 / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: PEG 2000, TRIS, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: KMC-1, DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.46→19.3 Å / Num. obs: 32970 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 6.7 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 8.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.46→1.55 Å / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 90.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ND1 解像度: 1.46→17.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 0.97 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOMS OF LOOP 159-162 ARE MODELED (SEMI- OCCUPIED) IN TWO DIFFERENT CONFORMATIONS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.46→17.77 Å
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拘束条件 |
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