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- PDB-2vz4: The N-terminal domain of MerR-like protein TipAL bound to promoter DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vz4
タイトルThe N-terminal domain of MerR-like protein TipAL bound to promoter DNA
要素
  • 5'-D(*CP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP *CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*G)-3'
  • HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR TIPA
キーワードTRANSCRIPTION / RESISTANCE / ANTIBIOTIC / DNA-BINDING / STREPTOMYCES / TRANSCRIPTION FACTOR / ALTERNATIVE INITIATION / TRANSCRIPTION REGULATION / DNA / MERR / DRUG / TIPAL / TIPAN / TIPAS / ACTIVATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
TipA-like multidrug resistance regulator, antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance ...TipA-like multidrug resistance regulator, antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / TipAS antibiotic-recognition domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / MerR-type HTH domain signature. / : / MerR HTH family regulatory protein / MerR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional activator TipA
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Allan, M.G. / Stetefeld, J. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Transcriptionally Inactive Merr Domain Tipan in Complex with DNA
著者: Allan, M.G. / Newberry, K.J. / Schuman, J. / Brennan, R.G. / Stetefeld, J. / Grzesiek, S. / Schirmer, T.
履歴
登録2008年7月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR TIPA
B: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP *CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0252
ポリマ－20,0252
非ポリマー00
水00
1
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR TIPA
B: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP *CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*G)-3'

A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR TIPA
B: 5'-D(*CP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP *CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0494
ポリマ－40,0494
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-57.41 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.850, 67.467, 73.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL ACTIVATOR TIPA / TIPAL


分子量: 12053.574 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN TIPAN, RESIDUES 2-109 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア)
プラスミド: MODIFIED PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A4T9
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*CP*GP*TP *CP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*GP*GP*TP*G)-3' / TIPA PROMOTER


分子量: 7971.114 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) STREPTOMYCES LIVIDANS (バクテリア) / 参照: GenBank: 408222
配列の詳細TIPAN IS THE N-TERMINAL DOMAIN OF TIPAL. RESIDUE M1 WAS CLEAVED DURING EXPRESSION. THE SEQUENCE IS ...TIPAN IS THE N-TERMINAL DOMAIN OF TIPAL. RESIDUE M1 WAS CLEAVED DURING EXPRESSION. THE SEQUENCE IS DESCRIBED IN HOLMES ET AL. (1993) EMBO J, VOL. 12, P. 3183. THE CRYSTAL CONTAINED DOUBLE-STRANDED DNA WITH SEQUENCES TTGCACCTCACGTCACGTGAGGAGGC (PLUS STRAND) AND AGCCTCCTCACGTGACGTGAGGTGCA (MINUS STRAND). BOTH STRANDS WERE MODELED AS CHAIN B WITH SEQUENCE CTCCTCACGTCACGTGAGGTG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: SITTING DROP CONTAINING 4 MICROLITERS PROTEIN-DNA SOLUTION PLUS 6 MICROLITERS RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN-DNA SOLUTION: 500 MICROMOLAR (6 MILLIGRAMS/MILLILITER) PROTEIN, 275 MICROMOLAR DOUBLE- ...詳細: SITTING DROP CONTAINING 4 MICROLITERS PROTEIN-DNA SOLUTION PLUS 6 MICROLITERS RESERVOIR SOLUTION. PROTEIN-DNA SOLUTION: 500 MICROMOLAR (6 MILLIGRAMS/MILLILITER) PROTEIN, 275 MICROMOLAR DOUBLE-STRANDED DNA, 123 MILLIMOLAR SODIUM CHLORIDE, 16 MILLIMOLAR TRIS (TRIS(HYDROXYMETHYL)AMINOMETHANE), 8 MILLIMOLAR SODIUM CACODYLATE, 4 MILLIMOLAR MAGNESIUM CHLORIDE, 0.8 MILLIMOLAR EDTA (ETHYLENEDIAMINETETRAACETIC ACID), PH 8. RESERVOIR SOLUTION: 15% (WEIGHT/VOLUME) PEG-8K (POLY(ETHYLENE GLYCOL) WITH MOLECULAR MASS 8000 GRAMS/MOLE), 200 MILLIMOLAR MAGNESIUM CHLORIDE, 100 MILLIMOLAR TRIS (TRIS(HYDROXYMETHYL)AMINOMETHANE), PH 8.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9001
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→72.74 Å / Num. obs: 5321 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1R8D

1r8d


解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 56.04 / SU ML: 0.423 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.777 / ESU R Free: 0.401 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 230 4.5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.24 4922 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å20 Å2
2---4.37 Å20 Å2
3---2.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数794 428 0 0 1222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3372.3911771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91231730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.115598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.98822.35334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31315122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.876157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021084
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1990.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2511
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3740.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0750.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5191.5530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3421.5203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3852771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3593980
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0194.51000
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.415 13
Rwork0.358 356
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5435-0.2022.317310.6024-2.80748.17520.2364-0.0725-0.17550.3104-0.08240.2870.509-0.5064-0.1541-0.1605-0.09670.0309-0.2264-0.05530.0883-2.361416.1282-22.1389
29.49783.1998-0.45859.20330.2661.22580.528-0.61040.18760.1041-0.60460.48230.0742-0.13950.0766-0.12710.0135-0.02560.0360.02660.0274-4.663534.385-40.2169
35.26781.44913.212414.57350.34315.8529-0.0416-0.7602-0.14381.4002-0.0204-0.3927-0.11130.5620.0620.5467-0.1269-0.2977-0.07030.21340.16817.28618.6586-7.7848
41.52322.04511.6343.61881.02013.3314-0.1944-0.88470.67531.8058-0.30931.1840.3043-0.68060.50370.5439-0.05730.38160.1859-0.19640.3402-7.865848.302-8.0472
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A77 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3B-11 - -2
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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