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- PDB-2vyv: Structure of E.Coli GAPDH Rat Sperm GAPDH heterotetramer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vyv
タイトルStructure of E.Coli GAPDH Rat Sperm GAPDH heterotetramer
要素(GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE ...) x 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / CONTRACEPTIVE / ALPHA CHLOROHYDRIN / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / NAD / GAPDH / RAT SPERM / CYTOPLASM / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycolysis / sperm fibrous sheath / sperm principal piece / Gluconeogenesis / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / motile cilium / spermatid development / acrosomal vesicle ...Glycolysis / sperm fibrous sheath / sperm principal piece / Gluconeogenesis / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / flagellated sperm motility / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / motile cilium / spermatid development / acrosomal vesicle / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cilium / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / FORMIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, testis-specific
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI BL21 (大腸菌)
RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Frayne, J. / Taylor, A. / Hall, L. / Hadfield, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structure of Insoluble Rat Sperm Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (Gapdh) Via Heterotetramer Formation with Escherichia Coli Gapdh Reveals Target for Contraceptive Design.
著者: Frayne, J. / Taylor, A. / Cameron, G. / Hadfield, A.T.
履歴
登録2008年7月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月31日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
Item: _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific ..._entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.pdbx_variant / _entity_src_nat.strain
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
B: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
C: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
D: GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,77123
ポリマ－143,3014
非ポリマー3,47019
水15,133840
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17100 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area54870 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.445, 103.562, 177.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.89612, -0.42768, 0.11854), (-0.42819, 0.90341, 0.02251), (-0.11671, -0.03058, -0.99269)30.64722, 54.52434, 46.02151
2given(0.99595, -0.0251, -0.08637), (0.00931, 0.9839, -0.17849), (0.08946, 0.17697, 0.98014)13.82563, 54.0471, -0.56618

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要素

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GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE ... , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE


分子量: 35641.434 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant: pLysS
参照: UniProt: P0A9B2, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)
#2: タンパク質 GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE


分子量: 36376.578 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 102-432 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DNA WAS EXTRACTED DIRECTLY FROM RAT TESTIS / 由来: (天然) RATTUS NORVEGICUS (ドブネズミ) / 組織: TESTIS
参照: UniProt: Q9ESV6, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)

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非ポリマー , 4種, 859分子

#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9O6P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2M NA FORMATE, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→28.6 Å / Num. obs: 51658 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.38→2.43 Å / % possible all: 78.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YVN

2yvn


解像度: 2.38→28.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 9.862 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.19 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 2433 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.184 46420 94.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→28.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10026 0 228 840 11094
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210562
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2711.9814346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88317046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.34851353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.93624.753425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.988151767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2071552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.21658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0690.21658
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021986
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.22309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.27858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.25070
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.25584
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1840.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.59338574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.124510695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20764539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.384103643
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.349 131
Rwork0.266 2653

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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