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- PDB-2vxm: Screening a Limited Structure-based Library Identifies UDP-GalNAc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxm
タイトルScreening a Limited Structure-based Library Identifies UDP-GalNAc- Specific Mutants of alpha-1,3 Galactosyltransferase
要素N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / 3 GALACTOSYLTRANSFERASE / TRANSMEMBRANE / GOLGI APPARATUS / ENZYME MECHANISM / GLYCOPROTEIN / METAL-BINDING / SIGNAL-ANCHOR / ALPHA-1 / MEMBRANE / MANGANESE / GLYCOSYLTRANSFERASE GALACTOSYLTRANSFERASE / TRANSFERASE SUBSTRATE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase / N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase activity / Golgi cisterna / : / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / glycosyltransferase activity / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi apparatus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyllactosaminide alpha-1,3-galactosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Tumbale, P. / Jamaluddin, H. / Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R. / Brew, K.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2008
タイトル: Screening a Limited Structure-Based Library Identifies Udp-Galnac-Specific Mutants of {Alpha}-1,3-Galactosyltransferase.
著者: Tumbale, P. / Jamaluddin, H. / Thiyagarajan, N. / Acharya, K.R. / Brew, K.
履歴
登録2008年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
B: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
C: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
D: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,9917
ポリマ－128,6894
非ポリマー3023
水1,820101
1
A: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1721
ポリマ－32,1721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3823
ポリマ－32,1721
非ポリマー2102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2642
ポリマ－32,1721
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1721
ポリマ－32,1721
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.720, 65.300, 163.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
N-ACETYLLACTOSAMINIDE ALPHA-1,3-GALACTOSYLTRANSFERASE / GALACTOSYLTRANSFERASE / UDP-GALACTOSE\: BETA-D-GALACTOSYL-1 / 4-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINIDE ALPHA-1 / ...GALACTOSYLTRANSFERASE / UDP-GALACTOSE\: BETA-D-GALACTOSYL-1 / 4-N-ACETYL-D-GLUCOSAMINIDE ALPHA-1 / 3-GALACTOSYLTRANSFERASE / ALPHA-1 / 3 GALACTOSYLTRANSFERASE


分子量: 32172.146 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 82-354 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P14769, N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 280 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 280 TO ARG ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 280 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 280 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, HIS 280 TO ARG ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, HIS 280 TO ARG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: PROTEIN: 5 MG/ML IN THE PRESENCE OF 10 MM MNCL2 AND 10 MM UDP-GAL MOTHER LIQUOR: 0-50% PEG 4000, 0.1 M TRIS-HCL, PH 8.0 AND 0.2 M SODIUM ACETATE

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.808
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.808 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 33047 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 6.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 8.38
反射 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / % possible all: 25.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JCJ

2jcj


解像度: 2.82→32.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 895 3.5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 25914 80 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.3448 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20.81 Å2
2--1.8 Å20 Å2
3----1.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.52 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→32.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8532 0 20 101 8653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.81→2.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor%反射
Rfree0.411 3.9 %
Rwork0.327 -
obs-34.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: GOL-MPD.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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