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万見
- PDB-2vvf: Crystal structure of the major capsid protein P2 from Bacteriopha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vvf
タイトルCrystal structure of the major capsid protein P2 from Bacteriophage PM2
要素MAJOR CAPSID PROTEIN P2
キーワードVIRAL PROTEIN / DOUBLE JELLY-ROLL VIRAL CAPSID
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, major subunit / virion component => GO:0044423
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #730 / Viral coat protein P2, N-terminal / Viral coat protein P2 N-terminal domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein P2 / Major capsid protein P2
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.K. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Insights Into Virus Evolution and Membrane Biogenesis from the Structure of the Marine Lipid-Containing Bacteriophage Pm2.
著者: Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.K. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
履歴
登録2008年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
B: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
C: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
D: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
E: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
F: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,64312
ポリマ－181,4026
非ポリマー2406
水3,261181
1
A: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
B: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
C: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8216
ポリマ－90,7013
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7690 Å2
ΔGint-38.2 kcal/mol
Surface area37390 Å2
手法PQS
2
D: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
E: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
F: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8216
ポリマ－90,7013
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7560 Å2
ΔGint-40.7 kcal/mol
Surface area37340 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)163.990, 77.570, 127.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2040-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99728, -0.07329, -0.00776), (-0.04303, -0.49366, -0.86859), (0.05983, 0.86656, -0.49547)16.76786, 612.76147, 403.86151
2given(0.99799, -0.04533, 0.04432), (-0.06111, -0.50212, 0.86264), (-0.01685, -0.86361, -0.50388)-8.38102, -47.67023, 738.02698
3given(0.99726, 0.07399, -0.00069), (-0.07398, 0.99725, 0.00487), (0.00105, -0.0048, 0.99999)-92.42001, -16.08124, 58.86206
4given(0.99, -0.12112, -0.07234), (-0.12233, -0.48153, -0.86785), (0.07028, 0.86802, -0.49153)-28.00676, 597.50079, 456.86597
5given(0.99106, -0.07431, 0.11084), (-0.13324, -0.50526, 0.85262), (-0.00735, -0.85976, -0.51065)-107.14326, -58.54114, 795.00244

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要素

#1: タンパク質
MAJOR CAPSID PROTEIN P2 / P2 MAJOR CAPSID PROTEIN


分子量: 30233.723 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9XJR7, UniProt: P15794*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
解説: THE DIFFRACTION IMAGES CONTAINED MULTIPLE LATTICES. TWO OF THEM WERE CONSISTENTLY INDEXED AND INTEGRATED THEN MERGED TO PRODUCE THE FINAL DATASET. THE P2 STRUCTURE HAS BEEN SOLVED USING AS ...解説: THE DIFFRACTION IMAGES CONTAINED MULTIPLE LATTICES. TWO OF THEM WERE CONSISTENTLY INDEXED AND INTEGRATED THEN MERGED TO PRODUCE THE FINAL DATASET. THE P2 STRUCTURE HAS BEEN SOLVED USING AS STARTING MODEL THE ELECTRON DENSITY OF A P2 TRIMER CUT OUT FROM THE AVERAGED PM2 PHAGE DENSITY. FOR DETAILS SEE ARTICLES AND PDB ENTRY FOR PHAGE PM2.
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97848
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月10日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→41 Å / Num. obs: 54091 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 30.4 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 70.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT5.6.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→41 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: WE IMPOSED 6-FOLD NCS AS RESTRAINT DURING REFINEMENT IN BUSTER. SOME RESIDUES WERE NOT INCLUDED IN THE NCS DUE TO THE DIFFERENT SIDE-CHAIN CONFORMATION. THE NCS PROVIDED BELOW HAVE BEEN USED ...詳細: WE IMPOSED 6-FOLD NCS AS RESTRAINT DURING REFINEMENT IN BUSTER. SOME RESIDUES WERE NOT INCLUDED IN THE NCS DUE TO THE DIFFERENT SIDE-CHAIN CONFORMATION. THE NCS PROVIDED BELOW HAVE BEEN USED AS CONSTRAINTS IN THE STRUCTURE SOLUTION AND AS RESTRAINTS IN REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2576 2731 5.1 %RANDOM
Rwork0.2399 ---
obs0.2408 51087 94 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12738 0 6 181 12925

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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