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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vv6 | ||||||
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タイトル | BJFIXLH IN FERRIC FORM | ||||||
![]() | SENSOR PROTEIN FIXL | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / PHOSPHOPROTEIN / NITROGEN FIXATION / PER-ARNT-SIM / METAL-BINDING / PAS / FIXL / IRON / HEME / KINASE / TWO-COMPONENT REGULATORY SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | ![]() histidine phosphotransfer kinase activity / nitrogen fixation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ayers, R.A. / Moffat, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Changes in Quaternary Structure in the Signaling Mechanisms of Pas Domains. 著者: Ayers, R.A. / Moffat, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13413.079 Da / 分子数: 4 / 断片: HEME DOMAIN, RESIDUES 151-269 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P23222, histidine kinase, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの #2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: NACL, PEI, CAPSO, PH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 91144 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 25 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1XJ3 解像度: 1.5→44.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.188 / SU ML: 0.051 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.98 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→44.72 Å
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拘束条件 |
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