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Yorodumi- PDB-5com: Crystal structure of Uncharacterized Protein Q187F5 from Clostrid... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5com | ||||||
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Title | Crystal structure of Uncharacterized Protein Q187F5 from Clostridium difficile 630 | ||||||
Components | Putative conjugative transposon protein Tn1549-like, CTn5-Orf2 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / DUF1706 / DfsB / replication | ||||||
Function / homology | Protein of unknown function DUF1706 / Protein of unknown function (DUF1706) / dinb family like domain / DinB/YfiT-like putative metalloenzymes / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / D(-)-TARTARIC ACID / Putative conjugative transposon protein Tn1549-like, CTn5-Orf2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Peptoclostridium difficile 630 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Taylor, J.D. / Taylor, G. / Matthews, S.J. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Structures of the DfsB Protein Family Suggest a Cationic, Helical Sibling Lethal Factor Peptide. Authors: Taylor, J.D. / Taylor, G. / Hare, S.A. / Matthews, S.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5com.cif.gz | 166.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5com.ent.gz | 139 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5com.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5com_validation.pdf.gz | 439.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5com_full_validation.pdf.gz | 442 KB | Display | |
Data in XML | 5com_validation.xml.gz | 20.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5com_validation.cif.gz | 30.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5com ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5com | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22141.539 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Peptoclostridium difficile 630 (bacteria) Gene: CD630_18460 / Plasmid: pQE30 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q187F5 #2: Chemical | ChemComp-TAR / | #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.11 Å3/Da / Density % sol: 60.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate 0.1 M Tris, 0.1 M Bicine, pH 8.5, ...Details: 0.1 M Sodium formate, 0.1 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Sodium potassium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Sodium oxamate 0.1 M Tris, 0.1 M Bicine, pH 8.5, 12% PEG 550 MME, 6% PEG 20,000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 28, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→61.74 Å / Num. obs: 80903 / % possible obs: 95.4 % / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 69.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→61.74 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.85 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→61.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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