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- PDB-2vum: Alpha-amanitin inhibited complete RNA polymerase II elongation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vum
タイトルAlpha-amanitin inhibited complete RNA polymerase II elongation complex
要素
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ...) x 7
  • (DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT ...) x 5
  • 5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*TP*TP*GP *AP*GP*CP*T)-3'
  • 5'-D(*AP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP *GP*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*BRUP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*T)-3'
  • 5'-R(*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
  • AMATOXIN
キーワードTRANSFERASE / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE / ALPHA-AMANITIN / UBL CONJUGATION / NUCLEAR PROTEIN / RNA POLYMERASE II / ELONGATION COMPLEX / MRNA PROCESSING / PHOSPHORYLATION / ENZYME INHIBITION / DNA DAMAGE / DNA REPAIR / ZINC-FINGER / DNA-BINDING / TRANSFERASE/DNA/RNA / TRANSCRIPTION BUBBLE / ZINC / NUCLEUS / CYTOPLASM / INHIBITOR / MAGNESIUM / TRANSCRIPTION INHIBITION / TRANSLOCATION INTERMEDIATE / TRANSCRIPTION / METAL-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / INTERMEDIATE / FUNGAL TOXIN / POLYMORPHISM / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / TRANSCRIPTION MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription ...RPB4-RPB7 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / termination of RNA polymerase II transcription / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / RNA polymerase I complex / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / transcription by RNA polymerase I / translation initiation factor binding / transcription-coupled nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / DNA-templated transcription initiation / P-body / ribonucleoside binding / mRNA processing / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / DNA-directed RNA polymerase activity / peroxisome / ribosome biogenesis / single-stranded DNA binding / toxin activity / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nucleotide binding / mRNA binding / nucleolus / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase ii / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L ...RNA polymerase ii / RNA Polymerase II, Rpb4 subunit / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain / RNA polymerase ii, chain L / Gyrase A; domain 2 - #140 / RPB5-like RNA polymerase subunit / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Enzyme I; Chain A, domain 2 / N-terminal domain of TfIIb / Rubrerythrin, domain 2 / Growth Hormone; Chain: A; / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / Rpb4/RPC9 superfamily / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Homeodomain-like / Zinc finger TFIIS-type signature. / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 ...DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Alpha-amanitin proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
AMANITA PHALLOIDES (タマゴテングタケ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Brueckner, F. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Basis of Transcription Inhibition by Alpha-Amanitin and Implications for RNA Polymerase II Translocation.
著者: Brueckner, F. / Cramer, P.
履歴
登録2008年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月30日Group: Other
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule_features
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AE" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "GB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 4-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 5-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC1
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC2
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC3
I: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9
J: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC5
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC4
M: AMATOXIN
N: 5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*TP*TP*GP *AP*GP*CP*T)-3'
P: 5'-R(*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3'
T: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP *GP*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*BRUP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)531,50425
ポリマ－530,95616
非ポリマー5489
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area73090 Å2
ΔGint-445 kcal/mol
Surface area166320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)220.619, 394.234, 283.966
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT ... , 7種, 7分子 ABCDGIK

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB1 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B1 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III ...RNA POLYMERASE II SUBUNIT B1 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE III LARGEST SUBUNIT / B220 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II LARGEST SUBUNIT


分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P04050, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB2 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140 KDA / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 2 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140 KDA / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 2 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 140 KDA POLYPEPTIDE / B150 POLYPEPTIDE


分子量: 138937.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P08518, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 45 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B3 / RNA POLYMERASE ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 45 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B3 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT 3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 45 KDA POLYPEPTIDE / B445.


分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P16370, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB4 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 32 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B4 / DNA-DIRECTED RNA ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 32 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B4 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 32 KDA POLYPEPTIDE / B32


分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20433, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB7 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 19 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B7 / B16


分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P34087, DNA-directed RNA polymerase
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB9 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT 9 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B9 / DNA-DIRECTED RNA ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT 9 / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B9 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT 9 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 142 KDA POLYPEPTIDE / B126


分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P27999, DNA-directed RNA polymerase
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II SUBUNIT RPB11 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 13.6 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B11 / DNA-DIRECTED ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 13.6 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASE II SUBUNIT B11 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE II 136 KDA POLYPEPTIDE / B136


分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38902, DNA-directed RNA polymerase

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DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT ... , 5種, 5分子 EFHJL

#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 27 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASES I / II / AND III ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 27 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC1 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 27 KDA POLYPEPTIDE / ABC27


分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20434, DNA-directed RNA polymerase
#6: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC2 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 23 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASES I / II / AND III ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 23 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC2 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 23 KDA POLYPEPTIDE / ABC23


分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20435, DNA-directed RNA polymerase
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 14.5 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASES I / II / AND ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 14.5 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC3 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 145 KDA POLYPEPTIDE / ABC144 / ABC145


分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P20436, DNA-directed RNA polymerase
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT 10 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT 10 / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC5 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 83 KDA POLYPEPTIDE / ABC10-BETA / ABC8


分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P22139, DNA-directed RNA polymerase
#12: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I, II, AND III SUBUNIT RPABC4 / DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 7.7 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASES I / II / AND ...DNA-DIRECTED RNA POLYMERASES I / II / AND III 7.7 KDA POLYPEPTIDE / RNA POLYMERASES I / II / AND III SUBUNIT ABC4 / ABC10-ALPHA


分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40422

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#14: DNA鎖 5'-D(*AP*AP*AP*CP*TP*AP*CP*TP*TP*GP *AP*GP*CP*T)-3' / NONTEMPLATE DNA


分子量: 4263.804 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#16: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP *GP*TP*TP*AP*CP*GP*CP*CP*BRUP*GP*GP*TP*CP*AP*TP*T)-3' / TEMPLATE DNA


分子量: 8043.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質・ペプチド / RNA鎖 , 2種, 2分子 MP

#13: タンパク質・ペプチド AMATOXIN / ALPHA AMANITIN / GAMMA-AMANITIN


分子量: 939.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) AMANITA PHALLOIDES (タマゴテングタケ)
参照: UniProt: P85421
#15: RNA鎖 5'-R(*AP*AP*AP*GP*AP*CP*CP*AP*GP*GP*C)-3' / PRODUCT RNA


分子量: 3552.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC OLIGONUCLEOTIDE / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 2種, 9分子

#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.2 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 200 MM AMMONIUM ACETATE, 300 MM SODIUM ACETATE, 50 MM HEPES PH 7.0, 4-7% PEG 6000, 5 MM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91901
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 328642 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Y1W

1y1w


解像度: 3.4→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2876 6502 2 %RANDOM
Rwork0.2547 ---
obs0.2547 328638 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 49.4797 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.318 Å20 Å20 Å2
2---17.586 Å20 Å2
3---20.904 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31089 985 9 0 32083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008609
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53286
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5ALPHA-AMANITIN.PRXALPHA-AMANITIN.TPX

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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