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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vu5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Pndk from Bacillus anthracis | ||||||
要素 | NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / BACILLUS ANTHRACIS / NUCLEOTIDE-BINDING / ATP-BINDING / METAL-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / NUCLEOTIDE METABOLISM / NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE KINASE / KINASE / CYTOPLASM / MAGNESIUM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / OTHER / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Misra, G. / Aggarwal, A. / Dube, D. / Zaman, M.S. / Singh, Y. / Ramachandran, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2009 タイトル: Crystal Structure of the Bacillus Anthracis Nucleoside Diphosphate Kinase and its Characterization Reveals an Enzyme Adapted to Perform Under Stress Conditions. 著者: Misra, G. / Aggarwal, A. / Dube, D. / Zaman, M.S. / Singh, Y. / Ramachandran, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vu5.cif.gz | 43 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vu5.ent.gz | 30.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vu5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/2vu5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vu/2vu5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6|||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16649.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BACILLUS ANTHRACIS (炭疽菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q81SV8, nucleoside-diphosphate kinase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→26.7 Å / Num. obs: 12490 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 14.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 2→93.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 3.441 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.369 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→93.25 Å
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拘束条件 |
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