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- PDB-2vsg: A Structural Motif in the Variant Surface Glycoproteins of Trypan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vsg
タイトルA Structural Motif in the Variant Surface Glycoproteins of Trypanosoma Brucei
要素VARIANT SURFACE GLYCOPROTEIN ILTAT 1.24
キーワードMEMBRANE PROTEIN / VSG / TRYPANOSOME / ANTIGENIC VARIATION
機能・相同性
機能・相同性情報


evasion of host immune response / side of membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Variant Surface Glycoprotein, subunit A; domain 2 / Variant Surface Glycoprotein, subunit A, domain 2 / Variant Surface Glycoprotein; Chain A domain 1 / Variant Surface Glycoprotein, subunit A domain 1 / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle ...Variant Surface Glycoprotein, subunit A; domain 2 / Variant Surface Glycoprotein, subunit A, domain 2 / Variant Surface Glycoprotein; Chain A domain 1 / Variant Surface Glycoprotein, subunit A domain 1 / Trypanosome variant surface glycoprotein, C-terminal / Trypanosome variant surface glycoprotein C-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Variant surface glycoprotein ILTAT 1.24
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Blum, M.L. / Down, J.A. / Metcalf, P. / Freymann, D.M. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: A structural motif in the variant surface glycoproteins of Trypanosoma brucei.
著者: Blum, M.L. / Down, J.A. / Gurnett, A.M. / Carrington, M. / Turner, M.J. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: Thesis / 年: 1990
タイトル: The Structure of a Vsg Variable Domain from Trypanosoma Brucei at 2.7 A Resolution
著者: Blum, M.L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Crystallization of Amino-Terminal Domains and Domain Fragments of Variant Surface Glycoproteins from Trypanosoma Brucei Brucei
著者: Metcalf, P. / Down, J.A. / Turner, M. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: Two Variant Surface Glycoproteins of Trypanosoma Brucei of Diffrent Sequence Classes Have Similar 6 Angstrom Resolution X-Ray Structures
著者: Metcalf, P. / Blum, M. / Freymann, D. / Turner, M. / Wiley, D.C.
履歴
登録1998年11月19日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VARIANT SURFACE GLYCOPROTEIN ILTAT 1.24
B: VARIANT SURFACE GLYCOPROTEIN ILTAT 1.24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5732
ポリマ－76,5732
非ポリマー00
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area26800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.100, 98.800, 172.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.991703, 0.074356, 0.104862), (0.067064, -0.396666, 0.91551), (0.109669, 0.914946, 0.388388)
ベクター: 8.485, 11.029, -7.882)

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要素

#1: タンパク質 VARIANT SURFACE GLYCOPROTEIN ILTAT 1.24 / VSG


分子量: 38286.742 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL VARIABLE DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) / Variant: ILTAT 1.24 / 参照: UniProt: P26329
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
解説: PHASES TO 4.2 A WERE OBTAINED BY SIRAS, IMPROVED BY NCS AVERAGING, AND EXTENDED TO 3.8 A. A PARTIAL MODEL WAS BUILT, AND RESOLUTION EXTENDED TO 2.7 A BY NCS AVERAGING AND PHASE COMBINATION.
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1986年8月5日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→10 Å / Num. all: 24682 / Num. obs: 24682 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.102
反射 シェル解像度: 2.7→2.83 Å / 冗長度: 3.64 % / Rsym value: 0.39
反射
*PLUS
Num. measured all: 107903 / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUDDHAデータ収集
ROTAVATAデータ削減
Agrovataデータ削減
BRICOGNEモデル構築
X-PLOR精密化
BUDDHAデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.7→6 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2
詳細: SEE REMARK 6 THIS STRUCTURE WAS REFINED BEFORE THE USE OF THE FREE R WAS INTRODUCED. IT IS MISSING SOME OF THE QUALITY INDICATORS NOW WIDELY USED. RELATIVELY LARGE DEVIATIONS FROM STANDARD ...詳細: SEE REMARK 6 THIS STRUCTURE WAS REFINED BEFORE THE USE OF THE FREE R WAS INTRODUCED. IT IS MISSING SOME OF THE QUALITY INDICATORS NOW WIDELY USED. RELATIVELY LARGE DEVIATIONS FROM STANDARD GEOMETRY CAN BE ASCRIBED TO BOTH THE LIMITED RESOLUTION OF THE DATA AND THE STATE OF THE ART WHEN THE STRUCTURE WAS REFINED, AND MAY BE INDICATIVE OF SOME OVERFITTING. NEVERTHELESS THE ELECTRON DENSITY MAP WAS WELL DEFINED AND ALLOWED, FOR EXAMPLE, IDENTIFICATION OF THREE SEQUENCING ERRORS WHICH WERE SUBSEQUENTLY VERIFIED.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.203 --
obs-21676 81 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5372 0 0 83 5455
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.47
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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