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- PDB-3edn: Crystal structure of the Bacillus anthracis phenazine biosynthesi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3edn
タイトルCrystal structure of the Bacillus anthracis phenazine biosynthesis protein, PhzF family
要素Phenazine biosynthesis protein, PhzF family
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Diaminopimelate epimerase-like fold / Alpha and beta protein class / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


biosynthetic process / isomerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenazine biosynthesis PhzF protein / Phenazine biosynthesis-like protein / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / Phenazine biosynthesis protein, PhzF family / Phenazine biosynthesis protein, PhzF family
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Brunzelle, J.S. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Bacillus anthracis phenazine biosynthesis protein, PhzF family
著者: Anderson, S.M. / Brunzelle, J.S. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2008年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenazine biosynthesis protein, PhzF family
B: Phenazine biosynthesis protein, PhzF family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,06219
ポリマ－67,4792
非ポリマー1,58317
水15,583865
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area26230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.089, 65.638, 150.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phenazine biosynthesis protein, PhzF family


分子量: 33739.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS3216, BA_3469, GBAA3469 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q81MV2, UniProt: A0A6L8PH16*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 865 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 2M NH4SO4, 5% isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11051
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-G10.97856
シンクロトロンAPS 21-ID-D20.97625
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2008年8月7日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2008年8月7日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1C(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978561
20.976251
反射解像度: 1.5→38.18 Å / Num. all: 95606 / Num. obs: 93368 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1.6 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 8426 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→38.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 1.451 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 4709 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.182 95606 --
obs0.182 93368 97.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.72 Å2 / Biso mean: 18.204 Å2 / Biso min: 7.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4856 0 84 885 5825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225043
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1951.9766871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0155651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46525.043234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57415889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8641523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023812
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.23425
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2670
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.254
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.09423156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58735015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.24222088
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.74731834
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 269 -
Rwork0.242 5673 -
all-5942 -
obs-6968 85.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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