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- PDB-2vsc: Structure of the immunoglobulin-superfamily ectodomain of human CD47 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vsc
タイトルStructure of the immunoglobulin-superfamily ectodomain of human CD47
要素LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
キーワードCELL ADHESION / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / SIGNAL REGULATORY PROTEIN / CD47 / MEMBRANE / GLYCOPROTEIN / IMMUNOGLOBULIN SUPERFAMILY / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / TRANSMEMBRANE / PAIRED RECEPTOR / ALTERNATIVE SPLICING
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding ...cellular response to interleukin-12 / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / protein binding involved in heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte extravasation / cell-cell adhesion mediator activity / positive regulation of cell-cell adhesion / regulation of interleukin-10 production / regulation of type II interferon production / ATP export / fibrinogen binding / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of interleukin-12 production / regulation of nitric oxide biosynthetic process / regulation of interleukin-6 production / Signal regulatory protein family interactions / negative regulation of phagocytosis / thrombospondin receptor activity / tertiary granule membrane / cellular response to interleukin-1 / Integrin cell surface interactions / specific granule membrane / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of phagocytosis / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of T cell activation / cellular response to type II interferon / positive regulation of inflammatory response / cell migration / angiogenesis / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Leukocyte surface antigen CD47 / CD47-like, transmembrane / CD47 immunoglobulin-like / Leukocyte surface antigen CD47, IgV / CD47 transmembrane region / CD47 immunoglobulin-like domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukocyte surface antigen CD47
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hatherley, D. / Graham, S.C. / Turner, J. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Barclay, A.N.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Paired Receptor Specificity Explained by Structures of Signal Regulatory Proteins Alone and Complexed with Cd47.
著者: Hatherley, D. / Graham, S.C. / Turner, J. / Harlos, K. / Stuart, D.I. / Barclay, A.N.
履歴
登録2008年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02020年3月11日Group: Data collection / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / entity_poly / pdbx_database_status
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
B: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
C: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
D: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,77618
ポリマ－58,0734
非ポリマー2,70314
水6,359353
1
A: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
B: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3889
ポリマ－29,0372
非ポリマー1,3527
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-34.8 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PQS
2
C: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
D: LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3889
ポリマ－29,0372
非ポリマー1,3527
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-33.3 kcal/mol
Surface area15230 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)201.137, 47.502, 56.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2037-

HOH

-
要素

#1: 抗体
LEUKOCYTE SURFACE ANTIGEN CD47 / INTEGRIN-ASSOCIATED PROTEIN / IAP / ANTIGENIC SURFACE DETERMINANT PROTEIN OA3 / PROTEIN MER6 / CD47


分子量: 14518.302 Da / 分子数: 4
断片: IMMUNOGLOBULIN-SUPERFAMILY ECTODOMAIN, RESIDUES 19-136
変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LEC3.2.8.1 / 参照: UniProt: Q08722
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細RESIDUE NUMBERING IS FOR MATURE PROTEIN (LACKING N- TERMINAL 18 AMINO ACID SIGNAL SEQUENCE). ...RESIDUE NUMBERING IS FOR MATURE PROTEIN (LACKING N- TERMINAL 18 AMINO ACID SIGNAL SEQUENCE). RESIDUE 1 (GLN) CYCLISES TO FORM A PYROGLUTAMIC ACID. RESIDUE 15 WAS MUTATED FROM CYS TO GLY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: 200 NL 17 MG/ML CD47 PLUS 100 NL RESERVOIR (0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 25% W/V PEG 3350) EQUILIBRATED AGAINST 95 UL OF RESERVOIR AT 20.5 C.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28.3 Å / Num. obs: 41496 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 91.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JJS, CHAIN C

2jjs


解像度: 1.9→28.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 8.331 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. B VALUES INCLUDE TLS CONTRIBUTIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 2100 5.1 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.219 39392 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20.15 Å2
2---0.76 Å20 Å2
3---0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3647 0 170 353 4170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223916
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3672.0175333
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8473.0036313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6215459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.93825.155161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38115676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8531513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.22624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1080.22087
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2303
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.20.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6211.52978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76923747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41131903
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1334.51579
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.353 139
Rwork0.249 2484
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.37431.82840.44053.68830.99782.6814-0.01720.1094-0.54370.0634-0.04330.09150.1989-0.29810.0605-0.198-0.0630.0384-0.1319-0.0633-0.07125.3517-36.93620.4823
214.847417.468210.2823.252814.43879.15190.6887-0.68720.57121.5321-0.98970.62560.5558-0.52370.3010.1369-0.17320.0352-0.18320.0199-0.173726.3216-7.547541.2028
32.36652.12080.85516.10290.82272.40370.1638-0.1475-0.03880.4664-0.2482-0.1528-0.1123-0.11770.0844-0.1206-0.0652-0.0179-0.20260.0042-0.166730.4424-8.387734.3321
414.400815.26610.80621.444112.86710.5476-0.10320.7086-0.6953-0.47370.251-0.13470.0499-0.0077-0.1478-0.2332-0.08010.0906-0.0132-0.16-0.06728.2322-36.85212.5952
54.3001-1.66070.22554.2933-0.68051.71180.1450.13440.0503-0.0431-0.0968-0.0690.01080.0567-0.0482-0.17040.03440.0214-0.20420.0108-0.188242.17360.639814.0996
616.7554-18.28837.995823.0595-11.18225.9056-0.5244-0.45590.06530.76860.74450.5412-0.7255-0.702-0.22010.11110.25510.00940.03440.0304-0.141915.743631.14583.9436
79.9259-8.29213.492110.5664-5.21783.66040.5961.37240.0928-0.6637-0.59940.142-0.0342-0.03140.00340.07320.24050.01520.21970.0667-0.147419.494128.6316-2.6344
815.8131-18.01765.87821.1371-7.11844.17420.31040.73790.8698-0.4489-0.661-1.093-0.07890.12590.3506-0.11410.05950.0636-0.14020.0594-0.112744.073.73645.5193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 100
2X-RAY DIFFRACTION1A1001 - 1100
3X-RAY DIFFRACTION2A101 - 120
4X-RAY DIFFRACTION3B1 - 100
5X-RAY DIFFRACTION3B1000 - 1100
6X-RAY DIFFRACTION4B101 - 120
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 100
8X-RAY DIFFRACTION5C1000 - 1100
9X-RAY DIFFRACTION6C101 - 120
10X-RAY DIFFRACTION7D1 - 100
11X-RAY DIFFRACTION8D101 - 120
12X-RAY DIFFRACTION8D1000 - 1100

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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