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- PDB-2vs7: The crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Ca -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vs7
タイトルThe crystal structure of I-DmoI in complex with DNA and Ca
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP *CP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP *GP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
  • HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
キーワードDNA BINDING PROTEIN / PROTEIN/NUCLEIC ACID CRYSTALLOGRAPHY / ENDONUCLEASE / MEGANUCLEASE / INTRON HOMING / GENOME ENGINEERING / DNA-BINDING PROTEIN / NUCLEASE / HYDROLASE / MAGNESIUM / GENE THERAPY
機能・相同性
機能・相同性情報


intein-mediated protein splicing / intron homing / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
LAGLIDADG-like domain / Intein / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Homing endonuclease I-DmoI
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Marcaida, M.J. / Prieto, J. / Redondo, P. / Nadra, A.D. / Alibes, A. / Serrano, L. / Grizot, S. / Duchateau, P. / Paques, F. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of I-Dmoi in Complex with its Target DNA Provides New Insights Into Meganuclease Engineering.
著者: Marcaida, M.J. / Prieto, J. / Redondo, P. / Nadra, A.D. / Alibes, A. / Serrano, L. / Grizot, S. / Duchateau, P. / Paques, F. / Blanco, F.J. / Montoya, G.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
B: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP *GP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP *CP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3'
D: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
E: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP *GP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP *CP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3'
G: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
H: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP *GP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP *CP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,06313
ポリマ－115,8849
非ポリマー1794
水10,989610
1
A: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
B: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP *GP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
C: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP *CP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6684
ポリマ－38,6283
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-52.7 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
2
D: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
E: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP *GP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP *CP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7275
ポリマ－38,6283
非ポリマー992
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7880 Å2
ΔGint-55.7 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
3
G: HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI
H: 5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP *GP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP *CP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6684
ポリマ－38,6283
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-51.9 kcal/mol
Surface area14160 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.988, 70.587, 106.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ADG

#1: タンパク質 HOMING ENDONUCLEASE I-DMOI / I-DMOI


分子量: 23265.057 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-188 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSSETA (DE3) PLYSS
参照: UniProt: P21505, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 BEHCFI

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP *GP*TP*AP*AP*GP*TP*TP*CP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 7707.932 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌)
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*CP*CP*GP*GP*AP*AP *CP*TP*TP*AP*CP*CP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*GP*GP*C)-3'


分子量: 7654.926 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DESULFUROCOCCUS MOBILIS (古細菌)

-
非ポリマー , 3種, 614分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.67 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 5.6% PEG 4000, 0.07M SODIUM ACETATE, 30% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9, 1.5414
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
21.54141
反射解像度: 2→25 Å / Num. obs: 87351 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル最高解像度: 2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 72.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.05→25.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.47 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 4178 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 79135 95.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→25.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4490 3057 7 610 8164
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0218207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3842.42811743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg31.4625594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67822.699226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.59715952
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8531545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2480.21320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.23046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.5550.25
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1881.52804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09224556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22635403
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.474.57167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.362 234
Rwork0.301 4202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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