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万見
- PDB-2vs6: K173A, R174A, K177A-trichosanthin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vs6
タイトルK173A, R174A, K177A-trichosanthin
要素RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN
キーワードHYDROLASE / ANTIVIRAL PROTEIN / PROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR / TCS / TOXIN / PLANT DEFENSE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome-inactivating protein alpha-trichosanthin
類似検索 - 構成要素
生物種TRICHOSANTHES KIRILOWII (チョウセンカラスウリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Too, P.H. / Ma, M.K. / Mak, A.N. / Tung, C.K. / Zhu, G. / Au, S.W. / Wong, K.B. / Shaw, P.C. / Ng, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: The C-Terminal Fragment of the Ribosomal P Protein Complexed to Trichosanthin Reveals the Interaction between the Ribosome-Inactivating Protein and the Ribosome.
著者: Too, P.H. / Ma, M.K. / Mak, A.N. / Wong, Y.T. / Tung, C.K. / Zhu, G. / Au, S.W. / Wong, K.B. / Shaw, P.C.
履歴
登録2008年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN
B: RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,1912
ポリマ－54,1912
非ポリマー00
水6,864381
1
A: RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0961
ポリマ－27,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0961
ポリマ－27,0961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.025, 95.840, 101.832
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN ALPHA-TRICHOSANTHIN / RRNA N-GLYCOSIDASE / ALPHA-TCS / TRICHOSANTHIN MUTANT K173A / R174A AND K177A


分子量: 27095.646 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) TRICHOSANTHES KIRILOWII (チョウセンカラスウリ)
プラスミド: PET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P09989, rRNA N-glycosylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 196 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 197 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 196 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 197 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 200 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 196 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 197 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 200 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.49 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→31.99 Å / Num. obs: 27383 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
MOSFLM位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TCS

1tcs


解像度: 2.4→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1373 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs-27335 99 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.782 Å20 Å20 Å2
2--2.228 Å20 Å2
3----5.009 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3803 0 0 381 4184

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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