PDB-2vrg: Structure of human MCFD2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vrg

タイトル

Structure of human MCFD2

要素

MULTIPLE COAGULATION FACTOR DEFICIENCY PROTEIN 2

キーワード

TRANSPORT / ER-GOLGI TRANSPORT / GLYCOPROTEIN SORTING / DISEASE MUTATION / SECRETORY PATHWAY / PROTEIN TRANSPORT / ER / EF-HAND / CALCIUM / GOLGI APPARATUS / ENDOPLASMIC RETICULUM / COAGULATION FACTOR DEFICIENCY

機能・相同性

機能・相同性情報

Transport to the Golgi and subsequent modification / Cargo concentration in the ER / COPII-mediated vesicle transport / vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / protein transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

溶液NMR / AB INITIO SIMULATED ANNEALING IN ARIA2

データ登録者

Guy, J.E. / Wigren, E. / Svard, M. / Hard, T. / Lindqvist, Y.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: New insights into multiple coagulation factor deficiency from the solution structure of human MCFD2.
著者: Guy, J.E. / Wigren, E. / Svard, M. / Hard, T. / Lindqvist, Y.

履歴

登録	2008年4月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年2月7日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.ionic_strength_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vrg.cif.gz	492 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vrg.ent.gz	405.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vrg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/2vrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/2vrg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4z89-10 1doy-d 4z89-4 4z88-5 1qx2-2 2n5a-d 1xlp-1 2i9h-d 1zv6-d 2ux2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (2) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MULTIPLE COAGULATION FACTOR DEFICIENCY PROTEIN 2

ヘテロ分子

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	TOTAL ENERGY AND RESTRAINT VIOLATION STATISTICS
代表モデル	モデル #2

#1: タンパク質	MULTIPLE COAGULATION FACTOR DEFICIENCY PROTEIN 2 / NEURAL STEM CELL-DERIVED NEURONAL SURVIVAL PROTEIN / MCFD2 分子量: 13952.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NI22
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
配列の詳細	DEPOSITED SEQUENCE INCLUDES SIGNAL SEQUENCE, OUR CONSTRUCT CORRESPONDS TO MATURE MCFD2 (AND THE ...DEPOSITED SEQUENCE INCLUDES SIGNAL SEQUENCE, OUR CONSTRUCT CORRESPONDS TO MATURE MCFD2 (AND THE REMAINS OF AN N- TERMINAL THROMBIN CLEAVAGE SITE)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N HSQC
1	2	1	13C HSQC
1	3	1	3D HNCO
1	4	1	3D CBCANH
1	5	1	3D CBCA(CO)NH
1	6	1	3D 15N-EDITED TOCSY- HSQC
1	7	1	3D 15N-EDITED NOESY- HSQC
1	8	1	3D (H)CCH-COSY
1	9	1	3D 13C- EDITED NOESY
1	10	1	2D (HB)CB(CGCDCE)HE
2	11	1	3D 15N-EDITED NOESY-HSQC
2	12	1	3D 13C-EDITED NOESY

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C, 15N-LABELED MCFD2

-
試料調製

詳細

内容: 90% WATER, 10% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	1 MM MES mM	6	1 atm	298.0 K
2	1 MM MES mM	6	1 atm	298.0 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
ARIA		NILGES, RIEPING, HABECK, BARDIAUX, BERNARD, MALLIAVIN	精密化
NMRPipe			構造決定
CcpNmr Analysis	ANALYSIS		構造決定
TALOS			構造決定
ARIA			構造決定

精密化

手法: AB INITIO SIMULATED ANNEALING IN ARIA2 / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY AND RESTRAINT VIOLATION STATISTICS
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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