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- PDB-2vq1: anti trimeric Lewis X Fab54-5C10-A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vq1
タイトルanti trimeric Lewis X Fab54-5C10-A
要素
  • ANTI-HUMAN FC GAMMA RECEPTOR III 3G8 GAMMA HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
  • IGKV1-117 PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / MONOCLONAL ANTIBODY / RECEPTOR / DIAGNOSIS / SCHISTOSOMIASIS / CARBOHYDRATE RECOGNITION
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / AZIDE ION / GLYCINE
機能・相同性情報
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者de Geus, D.C. / van Roon, A.M.M. / Thomassen, E.A.J. / Hokke, C.H. / Deelder, A.M. / Abrahams, J.P.
引用ジャーナル: Proteins / : 2009
タイトル: Characterization of a Diagnostic Fab Fragment Binding Trimeric Lewis X.
著者: De Geus, D.C. / Van Roon, A.M.M. / Thomassen, E.A.J. / Hokke, C.H. / Deelder, A.M. / Abrahams, J.P.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月23日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGKV1-117 PROTEIN
B: ANTI-HUMAN FC GAMMA RECEPTOR III 3G8 GAMMA HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
E: IGKV1-117 PROTEIN
F: ANTI-HUMAN FC GAMMA RECEPTOR III 3G8 GAMMA HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,70116
ポリマ-94,7824
非ポリマー91912
3,855214
1
A: IGKV1-117 PROTEIN
B: ANTI-HUMAN FC GAMMA RECEPTOR III 3G8 GAMMA HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8428
ポリマ-47,3912
非ポリマー4516
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4200 Å2
ΔGint-22.2 kcal/mol
Surface area18630 Å2
手法PISA
2
E: IGKV1-117 PROTEIN
F: ANTI-HUMAN FC GAMMA RECEPTOR III 3G8 GAMMA HEAVY CHAIN VARIABLE REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8588
ポリマ-47,3912
非ポリマー4676
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-21.5 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.384, 161.015, 53.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
抗体 / タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF

#1: 抗体 IGKV1-117 PROTEIN / FAB54-5C10-A


分子量: 23960.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA / : SWISS
#2: タンパク質 ANTI-HUMAN FC GAMMA RECEPTOR III 3G8 GAMMA HEAVY CHAIN VARIABLE REGION / FAB54-5C10-A


分子量: 23430.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ANTIGEN BINDING FRAGMENT / 由来: (天然) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 細胞株: MURINE HYBRIDOMA / : SWISS

-
非ポリマー , 4種, 226分子

#3: 化合物
ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : N3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4 / 詳細: 0.1 M NA CITRATE PH 4, 11% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月6日
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→28.7 Å / Num. obs: 29262 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UZ6
解像度: 2.5→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 22.761 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 127-133 IN CHAIN F AND 129-133 IN CHAIN B ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1470 5 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 27751 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.02 Å20 Å2-0.59 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3---0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6581 0 61 214 6856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0226817
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6681.9559279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg29.0785856
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97823.977259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.789151086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.61528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3770.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22861
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.24463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2366
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.275
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1751.54305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1926990
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.58232512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4494.52286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.361 102
Rwork0.28 2092
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1615-0.0374-0.01280.01050.01440.0718-0.0074-0.04210.0060.00680.01120.04-0.0148-0.0359-0.0038-0.02530.0016-0.00550.01630.00120.0238-4.23519.709113.728
20.07330.1096-0.03380.4865-0.17880.06660.0579-0.015-0.0183-0.0093-0.0443-0.05840.0523-0.02-0.0136-0.02510.0012-0.01050.0221-0.00080.0276-9.295820.0305-2.2896
30.6094-0.51010.19810.427-0.16580.0644-0.0188-0.0149-0.01920.05210.0007-0.01710.0025-0.0210.0181-0.0204-0.0003-0.00910.00780.00470.013-1.31924.25212.2454
40.10570.19060.00910.34360.01640.00080.03990.0035-0.03980.0032-0.05630.04360.00320.01030.0163-0.01530.0009-0.00740.0233-0.00330.0188-10.34671.00971.7471
50.1932-0.04680.20280.0134-0.06370.3176-0.00230.0024-0.044-0.0074-0.00640.00580.00860.00280.0087-0.02270.0015-0.0034-0.00670.00620.0324-6.91875.16359.4136
61.5568-0.1395-0.51080.01250.04580.16760.033-0.08680.0395-0.1538-0.05830.009-0.0956-0.01280.0253-0.0226-0.0149-0.01480.00390.00820.0139-0.629617.8772-3.7452
70.1062-0.08440.02340.1372-0.09980.1565-0.0184-0.00940.00110.0270.0073-0.0022-0.01180.00330.0112-0.0275-0.0015-0.00550.0114-0.00180.015519.9313-7.79226.0505
81.6378-1.08160.86591.1361-0.24590.7097-0.1199-0.02180.10370.05880.15140.00870.0305-0.0516-0.0314-0.0199-0.0084-0.0236-0.0033-0.01070.014935.014844.822323.0409
90.1029-0.1389-0.13460.30860.37520.4854-0.03840.03340.0163-0.00070.01390.0295-0.03-0.00270.0244-0.02440.0039-0.00730.0144-0.00520.025939.961630.80635.9319
100.7209-0.2220.19060.0684-0.05870.05040.0052-0.0066-0.0463-0.01180.02730.0345-0.0035-0.0302-0.0324-0.01590.0014-0.0096-0.0006-0.00210.015131.851932.573619.7274
110.17970.31670.21920.55790.38990.7763-0.0130.04030.0231-0.00510.06680.00510.0095-0.0512-0.0537-0.0360.0055-0.00710.01010.00160.017340.883931.396816.4721
120.2346-0.0929-0.05380.13970.11560.09880.01760.01790.0124-0.0005-0.0036-0.0024-0.0268-0.0363-0.014-0.0188-0.0022-0.00530.02110.00210.020737.511239.81319.2843
130.32220.07270.00190.01640.000400.0243-0.108-0.05090.04120.07780.07480.01060.1137-0.1022-0.01210.0117-0.00580.01290.00650.013931.293929.136634.2119
140.00570.0113-0.01550.0221-0.03050.0419-0.00490.003-0.00490.01540.0096-0.003-0.0010.0014-0.0047-0.02020.0003-0.01150.0204-0.0040.012910.754154.29334.1799
150.0029-0.00310.00110.0033-0.00110.00040.0366-0.01330.03860.0404-0.02310.02950.0146-0.0059-0.0134-0.0144-0.0064-0.01060.0121-0.00660.019817.51584.3567-8.0328
162.77961.82081.22831.19280.80460.5428-0.0458-0.2808-0.158-0.10730.0264-0.1684-0.3273-0.09310.0194-0.0412-0.00360.00350.0183-0.00030.01392.14984.4526-16.8805
170.3835-0.1392-0.10460.05360.07770.5447-0.0342-0.0112-0.08340.0199-0.0093-0.0308-0.0021-0.00480.0435-0.0153-0.0072-0.00950.01120.00420.017210.733812.22390.14
180.04660.29920.08371.92290.53770.15040.0309-0.0772-0.198-0.0352-0.1159-0.16-0.1144-0.03670.085-0.03040.0140.00330.0109-0.0038-0.00023.978413.8426-17.0194
190.0897-0.03540.00740.014-0.00290.00060.0149-0.00360.0038-0.0047-0.01270.0119-0.01250.0149-0.0022-0.0134-0.0002-0.01290.0155-0.00250.019215.379712.6404-9.2605
201.2703-1.24720.54551.2922-0.50540.2477-0.3132-0.3354-0.19480.46290.03970.02640.090.10410.2734-0.0348-0.02660.05810.0211-0.0040.02630.01986.2465-9.3228
210.024-0.0354-0.06040.0520.08890.1518-0.009-0.01090.02840.00230.02040.04310.03550.0106-0.0114-0.0163-0.0006-0.01040.00090.00620.0221.0189-9.25658.6093
220.2049-0.00930.04360.1431-0.2440.41980.0605-0.0041-0.0605-0.0656-0.03660.096-0.07660.0351-0.02390.0012-0.0053-0.0033-0.0006-0.0080.017813.033922.367421.7307
230.52940.0458-0.22160.72310.36761.28750.0164-0.0253-0.047-0.11510.0477-0.02880.06390.062-0.0641-0.02860.0180.00460.00570.00190.013628.440313.811923.6879
240.5097-0.2288-0.06041.5132-0.83120.5295-0.0295-0.01390.04420.04430.0178-0.0037-0.03130.01380.0117-0.02440.0009-0.00920.00180.00010.019219.863431.950127.8103
250.43780.11570.63110.03060.16680.90970.01360.0418-0.0960.17420.0722-0.0771-0.083-0.0971-0.0858-0.0185-0.0209-0.00840.01420.02690.040526.755115.604933.0312
260.3585-0.1791-0.01410.0975-0.02450.123-0.0055-0.0037-0.03850.0139-0.00030.0839-0.03010.00120.0058-0.0115-0.0006-0.00440.01060.00260.016315.311522.961730.1924
277.36730.36021.01280.25310.28550.37570.0001-0.08810.1251-0.06260.03530.00170.05-0.0329-0.0354-0.01620.00380.0007-0.00250.0166-0.00330.546121.490823.9313
280.0029-0.014-0.00720.06750.03460.0177-0.00790.0285-0.0281-0.0144-0.00070.0136-0.007-0.01550.0086-0.02230.0071-0.0120.0310.00120.02359.521136.90485.1058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2E24 - 36
3X-RAY DIFFRACTION3E37 - 54
4X-RAY DIFFRACTION4E55 - 68
5X-RAY DIFFRACTION5E69 - 93
6X-RAY DIFFRACTION6E94 - 102
7X-RAY DIFFRACTION7E103 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8A1 - 23
9X-RAY DIFFRACTION9A24 - 36
10X-RAY DIFFRACTION10A37 - 54
11X-RAY DIFFRACTION11A55 - 68
12X-RAY DIFFRACTION12A69 - 93
13X-RAY DIFFRACTION13A94 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14A103 - 216
15X-RAY DIFFRACTION15F1 - 25
16X-RAY DIFFRACTION16F26 - 37
17X-RAY DIFFRACTION17F38 - 51
18X-RAY DIFFRACTION18F52 - 60
19X-RAY DIFFRACTION19F61 - 96
20X-RAY DIFFRACTION20F97 - 103
21X-RAY DIFFRACTION21F104 - 215
22X-RAY DIFFRACTION22B1 - 25
23X-RAY DIFFRACTION23B26 - 37
24X-RAY DIFFRACTION24B38 - 51
25X-RAY DIFFRACTION25B52 - 60
26X-RAY DIFFRACTION26B61 - 96
27X-RAY DIFFRACTION27B97 - 103
28X-RAY DIFFRACTION28B104 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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