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- PDB-2vpe: Decoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vpe
タイトルDecoding of methylated histone H3 tail by the Pygo-BCL9 Wnt signaling complex
要素
  • B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
  • HISTONE H3 TAIL
  • PYGOPUS HOMOLOG 1
キーワードGENE REGULATION / WNT SIGNALING PATHWAY / WNT SIGNALING COMPLEX / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / SIGNALING PROTEIN / BCL9 HD1 DOMAIN / HPYGO1 PHD DOMAIN / PROTO-ONCOGENE / PHOSPHOPROTEIN / HISTONE H3K4ME2 / ZINC / NUCLEUS / ZINC-FINGER / METAL-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / spermatid nucleus differentiation / beta-catenin-TCF complex / cis-Golgi network / myoblast differentiation / skeletal muscle cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / protein localization to nucleus / sarcoplasm / canonical Wnt signaling pathway ...myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / spermatid nucleus differentiation / beta-catenin-TCF complex / cis-Golgi network / myoblast differentiation / skeletal muscle cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / protein localization to nucleus / sarcoplasm / canonical Wnt signaling pathway / hematopoietic progenitor cell differentiation / methylated histone binding / kidney development / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / beta-catenin binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
B Cell Lymphoma 9 / : / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. ...B Cell Lymphoma 9 / : / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / B-cell lymphoma 9 protein / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell CLL/lymphoma 9 protein / Pygopus homolog 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fiedler, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Nekrasov, M. / Mieszczanek, J. / Rybin, V. / Muller, J. / Evans, P. / Bienz, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Decoding of Methylated Histone H3 Tail by the Pygo- Bcl9 Wnt Signaling Complex.
著者: Fiedler, M. / Sanchez-Barrena, M.J. / Nekrasov, M. / Mieszczanek, J. / Rybin, V. / Muller, J. / Evans, P. / Bienz, M.
履歴
登録2008年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYGOPUS HOMOLOG 1
B: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
C: PYGOPUS HOMOLOG 1
D: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
P: HISTONE H3 TAIL
R: HISTONE H3 TAIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,37111
ポリマ－22,0176
非ポリマー3545
水3,693205
1
A: PYGOPUS HOMOLOG 1
B: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
P: HISTONE H3 TAIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2316
ポリマ－11,0093
非ポリマー2233
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area7490 Å2
手法PQS
2
C: PYGOPUS HOMOLOG 1
D: B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN
R: HISTONE H3 TAIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1395
ポリマ－11,0093
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7500 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.720, 105.720, 51.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 PYGOPUS HOMOLOG 1 / HPYGO1


分子量: 6759.612 Da / 分子数: 2 / 断片: PHD DOMAIN, RESIDUES 340-398 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9Y3Y4

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タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 BDPR

#2: タンパク質・ペプチド B-CELL CLL/LYMPHOMA 9 PROTEIN / B-CELL LYMPHOMA 9 PROTEIN / BCL-9 / PROTEIN LEGLESS HOMOLOG / BCL9


分子量: 3444.991 Da / 分子数: 2 / 断片: HD1 DOMAIN, RESIDUES 177-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O00512
#3: タンパク質・ペプチド HISTONE H3 TAIL


分子量: 803.927 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 9-MER H3K4ME2, DIMETHYLATION AT LYS K4 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)

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非ポリマー , 3種, 210分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
解説: CRYSTALLOGRAPHIC DATA WERE COLLECTED AT DIAMOND SYNCHROTRON, OXFORD, UK
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: HANGING-DROP VAPOUR-DIFFUSION METHOD AT 19 CELSIUS. 26.4% PEG-3350, 200MM LISO4, 100MM TRIS PH7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.06
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日
詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR FOR HORIZONTAL AND VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→42.37 Å / Num. obs: 30994 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VPB

2vpb


解像度: 1.7→106 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.965 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1655 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 30994 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→106 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1454 0 10 205 1669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221496
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.9382024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6695194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45825.42459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.47615236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.174155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1250.2139
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9211.5994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56721553
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2523573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6424.5471
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.381 110
Rwork0.295 2241

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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