PDB-2vp8: Structure of Mycobacterium tuberculosis Rv1207

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vp8

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis Rv1207

要素

DIHYDROPTEROATE SYNTHASE 2

キーワード

TRANSFERASE / DIHYDROPTEROATE SYNTHASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / RV1207 / FOLATE BIOSYNTHESIS / ANTIBIOTIC RESISTANCE

機能・相同性

機能・相同性情報

folic acid-containing compound biosynthetic process / dihydropteroate synthase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Gengenbacher, M. / Xu, T. / Niyomwattanakit, P. / Spraggon, G. / Dick, T.

引用

ジャーナル: Fems Microbiol.Lett. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of the Putative Dihydropteroate Synthase Ortholog Rv1207 of Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Gengenbacher, M. / Xu, T. / Niyomwattanakit, P. / Spraggon, G. / Dick, T.

履歴

登録	2008年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vp8.cif.gz	98.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vp8.ent.gz	75.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vp8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/2vp8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/2vp8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eyeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2pxs-d 3lmz-1 6cjs-1 4ds8-d 1rk4-d 2pxw-d 5auo-d 1uei-4 6ece-d 3bf3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE 2

B: DIHYDROPTEROATE SYNTHASE 2

ヘテロ分子

66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.727, 80.727, 215.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.34353, -0.84941, 0.40061), (-0.87294, 0.1315, -0.46976), (0.34634, -0.51109, -0.78666)
ベクター: -2.63996, 27.29851, 65.41853)

#1: タンパク質	DIHYDROPTEROATE SYNTHASE 2 / DHPS 2 / DIHYDROPTEROATE PYROPHOSPHORYLASE 2 / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS RV1207 分子量: 33053.656 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-318 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PET-21A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P64139, UniProt: P9WNC9*PLUS, EC: 2.1.5.15
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→107 Å / Num. obs: 24807 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	解像度: 2.64→2.8 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EYE

1eye

解像度: 2.64→19.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.906 / SU B: 20.695 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	1231	5 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.226	23291	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0.21 Å²	0 Å²
2-	-	0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→19.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3433	0	16	55	3504

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3506
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.138	1.942	4770
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.299	5	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.674	22.302	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.269	15	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.316	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	577
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.246	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.353	1.5	2358
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.63	2	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.845	3	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.374	4.5	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.64→2.71 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.346	94
R_work	0.32	1649

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7752	1.1493	-0.8163	7.6975	3.1421	11.0438	-0.4141	0.3888	-0.8715	-0.328	0.2015	-0.6922	1.3236	0.2719	0.2126	0.2041	-0.1666	0.2023	-0.0662	-0.0878	0.1292	-20.049	15.997	4.581
2	3.1051	4.3886	0.6765	11.3059	3.8724	8.2385	-0.4574	0.5589	-0.1702	-1.0639	0.5682	-0.6892	-0.4869	0.7093	-0.1108	0.1374	-0.2768	0.0713	0.043	-0.0022	-0.0439	-18.5	35.604	0.702
3	5.1828	-0.871	-1.2701	6.7313	1.667	7.0926	-0.2047	-0.2747	-0.3373	0.1692	0.0848	-0.2231	0.422	0.1761	0.1199	-0.1118	-0.1254	0.0351	-0.0844	0.0233	-0.1149	-20.793	29.864	19.905
4	9.736	-1.739	4.5427	3.5875	2.2323	7.2165	-0.6712	-1.3403	-0.1103	0.5943	0.3685	0.0011	0.1138	-0.6066	0.3028	-0.0605	0.1173	-0.0084	0.1114	-0.0935	-0.0185	-6.831	43.049	46.732
5	13.8939	-1.6983	8.0338	2.8947	-0.4258	9.5828	-0.4496	-2.0321	0.2479	0.5405	0.1177	0.7679	0.0325	-1.6459	0.3319	0.1173	0.2031	0.0184	0.4319	-0.29	0.2997	-23.948	49.685	45.257
6	19.3232	6.3482	3.3157	7.8196	8.3518	9.7673	-0.3748	-0.678	-0.2467	0.3798	0.11	0.0782	0.501	-0.5261	0.2648	-0.1456	0.0363	0.0181	-0.0568	-0.0825	0.0601	-26.462	42.784	32.674
7	8.686	-1.0748	2.2301	4.2089	4.0479	14.6631	-0.2599	0.1679	0.0916	-0.2545	0.1554	-0.1404	-0.1061	0.5066	0.1046	-0.2064	-0.0773	-0.0122	-0.1198	-0.0428	-0.0943	-13.16	40.068	27.21

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	27 - 142
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	143 - 251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	267 - 311
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	29 - 126
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	127 - 224
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	225 - 252
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	266 - 310

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