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万見
- PDB-2vok: Murine TRIM21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vok
タイトルMurine TRIM21
要素52 KDA RO PROTEIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / POLYMORPHISM / METAL-BINDING / TRIPARTITE MOTIF (TRIM) PROTEIN / SPRY SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS / ZINC / B30.2 / RO.52 / NUCLEUS / PRYSPRY / CYTOPLASM / RIBONUCLEOPROTEIN / SYSTEMIC LUPUS ERYTHEMATOSUS / ZINC-FINGER / DNA-BINDING / RNA-BINDING / COILED COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein deubiquitination / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stress granule disassembly / protein K63-linked ubiquitination / response to type II interferon / protein monoubiquitination / positive regulation of protein binding ...negative regulation of protein deubiquitination / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / stress granule disassembly / protein K63-linked ubiquitination / response to type II interferon / protein monoubiquitination / positive regulation of protein binding / protein autoubiquitination / positive regulation of cell cycle / positive regulation of autophagy / autophagosome / negative regulation of innate immune response / P-body / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / cytoplasmic stress granule / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / cytoplasmic vesicle / protein ubiquitination / ribonucleoprotein complex / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPRY domain / TRIM21, PRY/SPRY domain / Zinc finger, B-box, chordata / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger ...SPRY domain / TRIM21, PRY/SPRY domain / Zinc finger, B-box, chordata / : / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase TRIM21
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Keeble, A.H. / Khan, Z. / Forster, A. / James, L.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Trim21 is an Igg Receptor that is Structurally, Thermodynamically, and Kinetically Conserved.
著者: Keeble, A.H. / Khan, Z. / Forster, A. / James, L.C.
履歴
登録2008年2月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 52 KDA RO PROTEIN
B: 52 KDA RO PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0722
ポリマ－43,0722
非ポリマー00
水8,665481
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-9.3 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.955, 44.889, 71.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 52 KDA RO PROTEIN / TRIM21 / SJOEGREN SYNDROME TYPE A ANTIGEN / SS-A / RO(SS-A) / 52 KDA RIBONUCLEOPROTEIN AUTOANTIGEN ...TRIM21 / SJOEGREN SYNDROME TYPE A ANTIGEN / SS-A / RO(SS-A) / 52 KDA RIBONUCLEOPROTEIN AUTOANTIGEN RO/SS-A / TRIPARTITE MOTIF-CONTAINING PROTEIN 21


分子量: 21536.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62191
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 1.54
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→29.23 Å / Num. obs: 92548 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.3.0022 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.3→67.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.044 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 4636 5.09 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.215 92549 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.498 Å20 Å20.341 Å2
2--0.685 Å20 Å2
3----0.951 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→67.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2995 0 0 481 3476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.271.9034207
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.14537281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1995369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.53223.459159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10515475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5131518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.02581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2410.33043
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.22087
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.4470.517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2400
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3110.381
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7331.51883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2322981
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72831405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.464.51226
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 5.79→67.57 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.243 47
Rwork0.255 914

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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