PDB-2vmx: Crystal structure of F351GbsSHMT in complex with L-allo-Thr

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vmx

タイトル

Crystal structure of F351GbsSHMT in complex with L-allo-Thr

要素

SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / PLP-DEPENDENT ENZYMES / SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE / SHMT / F351G / FOLATE BINDING / PYRIDOXAL PHOSPHATE / ONE-CARBON METABOLISM

機能・相同性

機能・相同性情報

serine binding / L-serine catabolic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Rajaram, V. / Pai, V.R. / Bisht, S. / Bhavani, B.S. / Appaji Rao, N. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Structural and Functional Studies of Bacillus Stearothermophilus Serine Hydroxymethyltransferase: The Role of Asn(341), Tyr(60) and Phe(351) in Tetrahydrofolate Binding.
著者: Pai, V.R. / Rajaram, V. / Bisht, S. / Bhavani, B.S. / Rao, N.A. / Murthy, M.R.N. / Savithri, H.S.

履歴

登録	2008年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vmx.cif.gz	99.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vmx.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vmx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vmx_validation.pdf.gz	466.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vmx_full_validation.pdf.gz	466.6 KB	表示
XML形式データ	2vmx_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	2vmx_validation.cif.gz	29.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vmx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vm/2vmx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vmnC 2vmoC 2vmpC 2vmqC 2vmrC 2vmsC 2vmtC 2vmuC 2vmvC 2vmwC 2vmyC 2vmzC 1kl1S 1kkj 1kkp 1kl2 1yjs 1yjy 1yjz 2vgs 2vgt 2vgu 2vgv 2vgw 2vi8 2vi9 2via 2vib C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n0w-2 2w7g-1 2vgv-1 2vmq-1 4otl-2 1yjs-1 2w7l-1 2vmt-1 2vms-1 4ot8-1 2vi9-1 2via-1 2vmo-1 2vib-1 2vmv-1 2vmu-1 2vgu-1 2vgt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

A: SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.905, 106.255, 57.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-2024- HOH

#1: タンパク質	SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE 分子量: 44184.062 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-405 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7SIB6, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-ALO / ALLO-THREONINE / L-アロトレオニンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉NO₃
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, PHE 351 TO GLY

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 詳細: 50% MPD, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 MM EDTA, 5 MM 2-MERCAPTOETHANOL, 10 MM L-ALLO-THR

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC MIRROR
放射	モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→30 Å / Num. obs: 33883 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 22.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 22.9
反射シェル	解像度: 1.82→1.89 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1KL1

1kl1

解像度: 1.82→22.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 2.379 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	1722	5.1 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.174	32144	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→22.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3109	0	31	343	3483

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.133	1.965	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.336	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.459	24.106	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.649	15	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.578	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1688
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	285
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.149	0.2	101
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.108	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.432	1.5	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.67	2	3285
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.269	3	1290
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.978	4.5	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.82→1.87 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.423	136
R_work	0.318	2300

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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