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- PDB-2vld: crystal structure of a repair endonuclease from Pyrococcus abyssi -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vld
タイトルcrystal structure of a repair endonuclease from Pyrococcus abyssi
要素Endonuclease NucS
キーワードHYDROLASE / ENDONUCLEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Yojf; Chain: A; - #20 / Protein Yojf; Chain: A; / Endonuclease NucS / Endonuclease NucS C-terminal domain / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Distorted Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ren, B. / Kuhn, J. / Meslet-Cladiere, L. / Briffotaux, J. / Norais, C. / Lavigne, R. / Flament, D. / Ladenstein, R. / Myllykallio, H.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2009
タイトル: Structure and function of a novel endonuclease acting on branched DNA substrates.
著者: Ren, B. / Kuhn, J. / Meslet-Cladiere, L. / Briffotaux, J. / Norais, C. / Lavigne, R. / Flament, D. / Ladenstein, R. / Myllykallio, H.
履歴
登録2008年1月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年9月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _entity_name_com.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease NucS
B: Endonuclease NucS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3042
ポリマ－58,3042
非ポリマー00
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-11.5 kcal/mol
Surface area27720 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.966, 100.688, 157.686
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A3 - 119
2111B3 - 119
1121A126 - 232
2121B126 - 232

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease NucS / Nuclease for ssDNA / UPF0286 PROTEIN PYRAB01260


分子量: 29151.902 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: nucS, PYRAB01260, PAB2263 / 細胞株 (発現宿主): CodonPlus-RIL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL
参照: UniProt: Q9V2E8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 89 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 188 TO MSE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ILE 89 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LEU 188 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ILE 89 TO MSE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LEU 188 TO MSE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9077
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9077 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 19639 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 37.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 28.058 / SU ML: 0.284 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.713 / ESU R Free: 0.3 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 996 5.2 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 18306 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 66.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.38 Å20 Å20 Å2
2---5.97 Å20 Å2
3----2.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3679 0 0 112 3791
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.9945026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8965450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.81524.078179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.30215744
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3691533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.21605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22440
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2126
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3990.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2440.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.21.52334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96323672
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43131556
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8894.51354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A956tight positional0.030.05
12B956tight positional0.030.05
21A858tight positional0.030.05
22B858tight positional0.030.05
11A956tight thermal0.190.5
12B956tight thermal0.190.5
21A858tight thermal0.190.5
22B858tight thermal0.190.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.472 58 -
Rwork0.389 1280 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0253-0.2994-0.02135.1671-0.25642.78110.0012-0.0334-0.24-0.7612-0.2029-0.14020.44090.20180.2016-0.0740.07910.0589-0.01-0.0353-0.034525.626739.509954.6405
20.06240.39330.30033.58320.55183.06540.2742-0.16040.1269-0.7569-0.18790.241-0.34840.4675-0.08630.1457-0.00090.00670.08690.02590.09717.933683.927862.9257
32.03860.06730.56695.30140.28781.9869-0.03110.0650.1814-0.6556-0.14290.6034-0.4786-0.13730.174-0.01570.0893-0.15340.01-0.03530.060115.483657.207554.1444
40.40691.2153-0.9555.9329-1.66662.8531-0.0181-0.0133-0.2153-0.567-0.0646-0.60860.1966-0.090.0827-0.05320.04190.00730.0252-0.04450.177323.246414.11366.5065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2A126 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4B126 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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