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Yorodumi- PDB-4wyu: Crystal Structure of Scribble PDZ34 tandem in complex with its ta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wyu | ||||||
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Title | Crystal Structure of Scribble PDZ34 tandem in complex with its target peptide | ||||||
Components |
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Keywords | STRUCTURAL PROTEIN/PEPTIDE / PDZ tandem / PBM / STRUCTURAL PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / protein localization to adherens junction / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / auditory receptor cell stereocilium organization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / positive chemotaxis / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / signaling adaptor activity / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / adherens junction / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell migration / presynapse / lamellipodium / cell junction / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / postsynaptic density / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Ren, J.Q. / Pei, H.H. / Feng, W. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2015 Title: Interdomain interface-mediated target recognition by the Scribble PDZ34 supramodule. Authors: Ren, J. / Feng, L. / Bai, Y. / Pei, H. / Yuan, Z. / Feng, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wyu.cif.gz | 172.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wyu.ent.gz | 137 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wyu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wyu_validation.pdf.gz | 453.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4wyu_full_validation.pdf.gz | 456.4 KB | Display | |
Data in XML | 4wyu_validation.xml.gz | 17.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4wyu_validation.cif.gz | 24.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/4wyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/4wyu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4wytSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22172.270 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: PDZ3/PDZ4 tandem (UNP RESIDUES 992-1203) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / Plasmid: pET32a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q14160 #2: Protein/peptide | Mass: 895.955 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: This sequence is non-natural. / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Chemical | ChemComp-IOD / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 10% (w/v) PEG 3350, 0.2M KI, 0.1M HEPES |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 19, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 18220 / Num. obs: 18220 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 38.23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.133 / Rrim(I) all: 0.27 / Net I/σ(I): 8.8 / Num. measured all: 51169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WYT Resolution: 2.5→36.758 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.97 Å2 / Biso mean: 46.9846 Å2 / Biso min: 17.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.5→36.758 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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