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- PDB-2vif: Crystal structure of SOCS6 SH2 domain in complex with a c-KIT pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vif
タイトルCrystal structure of SOCS6 SH2 domain in complex with a c-KIT phosphopeptide
要素
  • MAST/STEM CELL GROWTH FACTOR RECEPTOR
  • SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALLING 6
キーワードSIGNALING PROTEIN / GROWTH REGULATION / SIGNAL TRANSDUCTION INHIBITOR / KIT REGULATOR / PHOSPHOTYROSINE
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / stem cell factor receptor activity / Kit signaling pathway / tongue development / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / positive regulation of dendritic cell cytokine production / mast cell chemotaxis / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell differentiation / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / positive regulation of mast cell cytokine production / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / lymphoid progenitor cell differentiation / negative regulation of T cell activation / melanocyte differentiation / immature B cell differentiation / germ cell migration / erythropoietin-mediated signaling pathway / myeloid progenitor cell differentiation / regulation of growth / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / Regulation of KIT signaling / megakaryocyte development / mast cell degranulation / growth factor binding / stem cell population maintenance / pigmentation / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / hemopoiesis / T cell differentiation / immunological synapse / somatic stem cell population maintenance / spermatid development / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / ectopic germ cell programmed cell death / response to cadmium ion / Negative regulation of FLT3 / negative regulation of signal transduction / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / hematopoietic progenitor cell differentiation / proteasomal protein catabolic process / ovarian follicle development / signaling adaptor activity / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / acrosomal vesicle / SH2 domain binding / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / B cell differentiation / epithelial cell proliferation / erythrocyte differentiation / cell chemotaxis / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / stem cell differentiation / Signaling by SCF-KIT / defense response / receptor protein-tyrosine kinase / visual learning / cytoplasmic side of plasma membrane / male gonad development / fibrillar center / cytokine-mediated signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell junction / cell migration / Neddylation / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade
類似検索 - 分子機能
SOCS6, SH2 domain / SOCS6, SOCS box domain / suppressors of cytokine signalling / Mast/stem cell growth factor receptor / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site ...SOCS6, SH2 domain / SOCS6, SOCS box domain / suppressors of cytokine signalling / Mast/stem cell growth factor receptor / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Suppressor of cytokine signaling 6 / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Bullock, A. / Pike, A.C.W. / Savitsky, P. / Keates, T. / Pilka, E.S. / von Delft, F. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Knapp, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural Basis for C-Kit Inhibition by the Suppressor of Cytokine Signaling 6 (Socs6) Ubiquitin Ligase.
著者: Zadjali, F. / Pike, A.C.W. / Vesterlund, M. / Sun, J. / Wu, C. / Li, S.S. / Ronnstrand, L. / Knapp, S. / Bullock, A. / Flores-Morales, A.
履歴
登録2007年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALLING 6
P: MAST/STEM CELL GROWTH FACTOR RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3303
ポリマ－17,2682
非ポリマー621
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-9.4 kcal/mol
Surface area8300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.377, 60.143, 71.367
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALLING 6 / SOCS-6 / SUPPRESSOR OF CYTOKINE SIGNALING 4 / SOCS-4 / CYTOKINE-INDUCIBLE SH2 PROTEIN 4 / CIS-4


分子量: 15918.718 Da / 分子数: 1 / 断片: SH2 DOMAIN, RESIDUES 361-499 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-ELONGIN / 参照: UniProt: O14544
#2: タンパク質・ペプチド MAST/STEM CELL GROWTH FACTOR RECEPTOR / SCFR / PROTO-ONCOGENE TYROSINE-PROTEIN KINASE KIT / C-KIT / CD117 ANTIGEN


分子量: 1349.297 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 564-574 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-ELONGIN / 参照: UniProt: P10721
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細TWO CLONING ARTIFACTS - V368D AND R463G

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.84 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2M AMMONIUM SULPHATE, 30% PEG5000 MONOMETHYLETHER, 0.1M MES PH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98248
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98248 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→46.03 Å / Num. obs: 23956 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.704 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IZV

2izv


解像度: 1.45→35.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.461 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 1210 5.1 %RANDOM
Rwork0.139 ---
obs0.142 22652 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→35.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 4 125 1247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211205
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4751.9511633
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98732025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3175143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.78822.03459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19215201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1031513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2750.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8833762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.01351164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.6438545
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.6411468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.316 73
Rwork0.149 1620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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