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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vhx | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the ternary complex of L-alanine dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis with NAD+ and pyruvate | |||||||||
![]() | ALANINE DEHYDROGENASE | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NAD / SECRETED | |||||||||
機能・相同性 | ![]() alanine catabolic process / alanine dehydrogenase / alanine dehydrogenase activity / L-alanine catabolic process / cell wall / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding ...alanine catabolic process / alanine dehydrogenase / alanine dehydrogenase activity / L-alanine catabolic process / cell wall / peptidoglycan-based cell wall / response to hypoxia / nucleotide binding / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Agren, D. / Schneider, G. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-Dimensional Structures of Apo- and Holo-L-Alanine Dehydrogenase from Mycobacterium Tuberculosis Reveal Conformational Changes Upon Coenzyme Binding. 著者: Agren, D. / Stehr, M. / Berthold, C.L. / Kapoor, S. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Schneider, G. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 430.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 353.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 89.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 128.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39581.961 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PET26 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P30234, UniProt: P9WQB1*PLUS, alanine dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PYR / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | EXPRESSED WITH A C-TERMINAL 6XHIS TAG. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月9日 |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.2 Å / Num. obs: 182162 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 67.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CHAIN A RESIDUES 241-245 ARE MISSING. CHAIN B RESIDUES 240-244 ARE MISSING. CHAIN C RESIDUES 241-246 ARE MISSING. CHAIN D RESIDUES 240-244 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CHAIN A RESIDUES 241-245 ARE MISSING. CHAIN B RESIDUES 240-244 ARE MISSING. CHAIN C RESIDUES 241-246 ARE MISSING. CHAIN D RESIDUES 240-244 ARE MISSING. THE PYRUVATE BOUND IN CHAIN E AND F ARE NOT BOUND AT FULL OCCUPANCY, SEE THE PAPER IN REFERENCES FOR FURTHER EXPLANATIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
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拘束条件 |
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