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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vhb | ||||||
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タイトル | AZIDE ADDUCT OF THE BACTERIAL HEMOGLOBIN FROM VITREOSCILLA STERCORARIA | ||||||
![]() | HEMOGLOBIN | ||||||
![]() | OXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitric oxide dioxygenase NAD(P)H activity / cellular response to nitrosative stress / nitric oxide catabolic process / FAD binding / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Tarricone, C. / Galizzi, A. / Coda, A. / Ascenzi, P. / Bolognesi, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Unusual structure of the oxygen-binding site in the dimeric bacterial hemoglobin from Vitreoscilla sp. 著者: Tarricone, C. / Galizzi, A. / Coda, A. / Ascenzi, P. / Bolognesi, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.24016, -0.00448, -0.97072), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15790.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: C1 / 遺伝子: VGB / プラスミド: PDH88 / 遺伝子 (発現宿主): VGB / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.4 詳細: PRECIPITANT: AMMONIUM SULFATE 1.2 M. BUFFER: PYROPHOSPHATE 0.2 M PH 6.4. ADDITIVES: ETHYLENE GLYCOL 3% V/V. PROTEIN CONCENTRATION 25 MG/ML. VAPOR DIFFUSION TECHNIQUES. AZIDE SOAKING ...詳細: PRECIPITANT: AMMONIUM SULFATE 1.2 M. BUFFER: PYROPHOSPHATE 0.2 M PH 6.4. ADDITIVES: ETHYLENE GLYCOL 3% V/V. PROTEIN CONCENTRATION 25 MG/ML. VAPOR DIFFUSION TECHNIQUES. AZIDE SOAKING CONDITIONS: 0.03 M N3-, 1 HOUR, PH 7.0, vapor diffusion | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MAR RESEARCH 180MM IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1996年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→15 Å / Num. obs: 29076 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.83 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.275 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.049 / % possible all: 94.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 68840 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.76→15 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.76→15 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.197 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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