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- PDB-2vgr: Structure of the WT-Phycoerythrobilin Synthase PebS from the Cyan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vgr
タイトルStructure of the WT-Phycoerythrobilin Synthase PebS from the Cyanophage P-SSM2 in Complex with the bound Substrate Biliverdin IXa
要素CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYANOPHAGES / BILIVERDIN IXA / PHYCOBILIN REDUCTASE / PHYCOBILIN SYNTHESIS / PROCHLOROCOCCUS / PHYCOERYTHROBILIN / BILIVERDIN REDUCTASE / FERREDOXIN DEPENDENT
機能・相同性
機能・相同性情報


phycoerythrobilin synthase / phytochromobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能
oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase - #20 / Ferredoxin-dependent bilin reductase / Ferredoxin-dependent bilin reductase / oxygen-dependent coproporphyrinogen oxidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Phycoerythrobilin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種PROCHLOROCOCCUS PHAGE P-SSM2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dammeyer, T. / Hofmann, E. / Frankenberg-Dinkel, N.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Phycoerythrobilin Synthase (Pebs) of a Marine Virus: Crystal Structures of the Biliverdin Complex and the Substrate-Free Form.
著者: Dammeyer, T. / Hofmann, E. / Frankenberg-Dinkel, N.
履歴
登録2007年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
B: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
C: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
D: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5028
ポリマ－109,1714
非ポリマー2,3314
水6,107339
1
A: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8752
ポリマ－27,2931
非ポリマー5831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8752
ポリマ－27,2931
非ポリマー5831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8752
ポリマ－27,2931
非ポリマー5831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8752
ポリマ－27,2931
非ポリマー5831
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.990, 70.040, 81.670
Angle α, β, γ (deg.)75.53, 70.74, 71.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12A
22C
13B
23D

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111THRTHRASNASNAA22 - 5122 - 51
211THRTHRASNASNBB22 - 5122 - 51
311THRTHRASNASNCC22 - 5122 - 51
411THRTHRASNASNDD22 - 5122 - 51
121GLYGLYPROPROAA57 - 13557 - 135
221GLYGLYPROPROBB57 - 13557 - 135
321GLYGLYPROPROCC57 - 13557 - 135
421GLYGLYPROPRODD57 - 13557 - 135
131ASNASNTHRTHRAA148 - 203148 - 203
231ASNASNTHRTHRBB148 - 203148 - 203
331ASNASNTHRTHRCC148 - 203148 - 203
431ASNASNTHRTHRDD148 - 203148 - 203
141ASPASPLYSLYSAA227 - 233227 - 233
241ASPASPLYSLYSBB227 - 233227 - 233
341ASPASPLYSLYSCC227 - 233227 - 233
441ASPASPLYSLYSDD227 - 233227 - 233
112PHEPHEGLYGLYAA144 - 147144 - 147
212PHEPHEGLYGLYCC144 - 147144 - 147
122GLUGLUASNASNAA204 - 226204 - 226
222GLUGLUASNASNCC204 - 226204 - 226
113GLYGLYASNASNBB210 - 226210 - 226
213GLYGLYASNASNDD210 - 226210 - 226

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.991, -0.13379, -0.00458), (0.1277, -0.93448, -0.33232), (0.04018, -0.32992, 0.94315)-20.4309, 31.99888, 8.9747
2given(0.99979, -0.01746, -0.01064), (-0.01756, -0.9998, -0.0091), (-0.01048, 0.00928, -0.9999)2.28744, 35.183, -20.05858
3given(-0.99055, -0.13704, -0.00617), (-0.12997, 0.92317, 0.36174), (-0.04388, 0.35912, -0.93226)-22.73905, 3.98705, -28.78696

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要素

#1: タンパク質
CYANOBACTERIAL PHYCOERYTHROBILIN / PHYCOBILIN REDUCTASE / CYANOPHAGE PHYCOERYTHROBILIN SYNTHASE PEBS


分子量: 27292.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PROCHLOROCOCCUS PHAGE P-SSM2 (ファージ)
プラスミド: PGEX-6P-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58MU6, phycoerythrobilin synthase
#2: 化合物
ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.98011
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48 Å / Num. obs: 60138 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VCK

2vck


解像度: 2.1→47.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 6.641 / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 3185 5.3 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.23 56953 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0.59 Å20.4 Å2
2--3.76 Å2-1.08 Å2
3----2.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7010 0 172 339 7521
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227387
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.9759992
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6575840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.32414.9221245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1391528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.23597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.24905
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2740.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2080.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8091.54328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36926817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.60733551
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2884.53175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1429medium positional0.360.5
12B1429medium positional0.310.5
13C1429medium positional0.340.5
14D1429medium positional0.390.5
21A217medium positional0.320.5
31B135medium positional0.340.5
11A1429medium thermal0.872
12B1429medium thermal0.852
13C1429medium thermal0.782
14D1429medium thermal0.962
21A217medium thermal0.62
31B135medium thermal0.422
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rwork0.261 4460
Rfree-0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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