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万見
- PDB-2vde: Crystal Structure of the Open State of TolC Outer Membrane Compon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vde
タイトルCrystal Structure of the Open State of TolC Outer Membrane Component of Mutlidrug Efflux Pumps
要素OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / OUTER MEMBRANE / ALPHA HELICAL BARREL / MULTIDRUG EFFLUX PUMP / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE / TRANSPORT / BETA BARREL / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / porin activity ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / porin activity / monoatomic ion channel activity / efflux transmembrane transporter activity / cell outer membrane / : / response to toxic substance / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Type I secretion outer membrane protein, TolC / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein TolC
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bavro, V.N. / Pietras, Z. / Furnham, N. / Perez-Cano, L. / Fernandez-Recio, J. / Pei, X.Y. / Truer, R. / Misra, R. / Luisi, B.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Assembly and Channel Opening in a Bacterial Drug Efflux Machine.
著者: Bavro, V.N. / Pietras, Z. / Furnham, N. / Perez-Cano, L. / Fernandez-Recio, J. / Pei, X.Y. / Truer, R. / Misra, R. / Luisi, B.
履歴
登録2007年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Advisory
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
B: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
C: OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,0117
ポリマ－151,8693
非ポリマー1424
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17230 Å2
ΔGint-105.7 kcal/mol
Surface area72510 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)128.284, 136.176, 136.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC / TOLC


分子量: 50623.000 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 1-450 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET41B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43, C41 / 参照: UniProt: P02930
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 191 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 384 TO PHE ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, VAL 191 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TYR 384 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, VAL 191 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, TYR 384 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 389 TO GLU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, VAL 191 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, TYR 384 TO PHE ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ARG 389 TO GLU
非ポリマーの詳細CHLORIDE ION (CL): CHLORIDE DEDUCED FROM COORDINATION PATTERN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.91 % / 解説: NONE
結晶化pH: 10.5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.1M CAPS PH10.5, 30% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月10日 / 詳細: SLITS
放射モノクロメーター: HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→22.1 Å / Num. obs: 36034 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.53
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EK9

1ek9


解像度: 3.2→22.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.885 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.839 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.541 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE MODELED IN FULL WITH OCCUPANCY ZERO.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 1906 5 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.268 36034 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→22.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9909 0 4 0 9913
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0229854
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0331.95213414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.25551280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.67426.151491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.905151605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9881548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.027595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.24865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.26956
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3411.56363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.622210170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.46633491
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8284.53242
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.416 130
Rwork0.367 2216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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