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- PDB-2v9v: Crystal Structure of Moorella thermoacetica SelB(377-511) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v9v
タイトルCrystal Structure of Moorella thermoacetica SelB(377-511)
要素SELENOCYSTEINE-SPECIFIC ELONGATION FACTOR
キーワードTRANSCRIPTION / PROTEIN CONFORMATIONAL CHANGE / TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR SELB / SELENOPROTEIN BIOSYNTHESIS / PROTEIN DYNAMICS / NUCLEOTIDE-BINDING / CYTOPLASM / GTP-BINDING / SELENOCYSTEINE / WINGED-HELIX DOMAIN / PROTEIN BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


selenocysteine incorporation / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor SelB, winged helix, type 1 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 2 / Elongation factor SelB, winged helix / Selenocysteine-specific elongation factor, beta-barrel domain / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 3 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor, selenocysteine-specific / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal ...Translation elongation factor SelB, winged helix, type 1 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 2 / Elongation factor SelB, winged helix / Selenocysteine-specific elongation factor, beta-barrel domain / Translation elongation factor SelB, winged helix, type 3 / Elongation factor SelB, winged helix / Translation elongation factor, selenocysteine-specific / : / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Small GTP-binding protein domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Selenocysteine-specific elongation factor
類似検索 - 構成要素
生物種MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Ganichkin, O. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Conformational Switches in Winged-Helix Domains 1 and 2 of Bacterial Translation Elongation Factor Selb.
著者: Ganichkin, O. / Wahl, M.C.
履歴
登録2007年8月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SELENOCYSTEINE-SPECIFIC ELONGATION FACTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7117
ポリマ－15,5231
非ポリマー1886
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.349, 46.087, 58.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.45, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2016-

HOH

21A-2039-

HOH

31A-2040-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 SELENOCYSTEINE-SPECIFIC ELONGATION FACTOR / SELB / SELB TRANSLATION FACTOR


分子量: 15523.494 Da / 分子数: 1 / 断片: WINGED-HELIX DOMAINS 1 AND 2, RESIDUES 377-511 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MOORELLA THERMOACETICA (バクテリア)
プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q46455
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.86 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 MM HEPES-NAOH, PH 6.9 TO 7.9, 3.9 TO 4.5 M NACL, HANGING DROP VAPOR DIFFUSION AT 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.8
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 61009 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: RESIDUES 377-511 OF PDB ENTRY 1LVA

1lva


解像度: 1.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.669 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.141 3094 5.1 %RANDOM
Rwork0.12 ---
obs0.121 57911 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å20.08 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1097 0 6 318 1421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0211245
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5481.9491704
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8832695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.4495159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.822.42466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.02515212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3871517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2288
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1950.21230
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1880.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2330.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3060.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3290.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.260.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41.5753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06621216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9553512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1484.5487
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.13 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.182 220
Rwork0.155 4291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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