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万見
- PDB-2v9d: Crystal Structure of YagE, a prophage protein belonging to the di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v9d
タイトルCrystal Structure of YagE, a prophage protein belonging to the dihydrodipicolinic acid synthase family from E. coli K12
要素YAGE
キーワードLYASE / DIHYDRODIPICOLINIC ACID SYNTHASE / N-ACETYL NEURAMINATE LYASE / NAL / DHDPS / PROPHAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase / aldonic acid catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative 2-dehydro-3-deoxy-D-gluconate aldolase YagE
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Manicka, S. / Peleg, Y. / Unger, T. / Albeck, S. / Dym, O. / Greenblatt, H.M. / Bourenkov, G. / Lamzin, V. / Krishnaswamy, S. / Sussman, J.L.
引用ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of Yage, a Putative Dhdps Like Protein from Escherichia Coli K12.
著者: Manicka, S. / Peleg, Y. / Unger, T. / Albeck, S. / Dym, O. / Greenblatt, H.M. / Bourenkov, G. / Lamzin, V. / Krishnaswamy, S. / Sussman, J.L.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_status / software / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YAGE
B: YAGE
C: YAGE
D: YAGE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,9914
ポリマ－148,9914
非ポリマー00
水11,692649
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-82.2 kcal/mol
Surface area46580 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.279, 149.806, 78.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A12 - 309
2113B12 - 309
1125C12 - 309
2125D12 - 309

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.6953, 0.1302, 0.7068), (0.1278, -0.9454, 0.2998), (0.7073, 0.2988, 0.6407)96.52, 187.5, -75.87
2given(-0.7017, 0.1301, 0.7005), (0.1295, -0.9435, 0.3049), (0.7006, 0.3047, 0.6452)96.2, 187.6, -75.6

-
要素

#1: タンパク質
YAGE / PUTATIVE LYASE-SYNTHASE YAGE


分子量: 37247.645 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 3-309 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / 解説: GENOBASE, TOKYO / プラスミド: PET28TEVH/YAGE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P75682
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 649 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 % / 解説: PEAK DATA INFLECTION 0.9796A REMOTE 0.9762A
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 100MM BIS-TRIS PH 5.5, 200MM MGCL2, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9794 , 0.9796 , 0.9762
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97961
30.97621
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 67391 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.15→36.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 4.382 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 3466 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
obs0.168 63872 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→36.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9011 0 0 649 9660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0229203
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.96912545
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.65351188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18524.645366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.33151477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7381538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.21484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.24538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.26322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9871.56149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35829557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.70133489
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8084.52988
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1192tight positional0.050.05
2C1192medium positional0.080.5
1A1055loose positional0.285
2C1059loose positional0.255
1A1192tight thermal0.260.5
2C1192medium thermal0.812
1A1055loose thermal1.5110
2C1059loose thermal1.6310
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 259 -
Rwork0.171 4553 -
obs--97.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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