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- PDB-2v9b: X-ray structure of viscotoxin B2 from Viscum album -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v9b
タイトルX-ray structure of viscotoxin B2 from Viscum album
要素VISCOTOXIN-B
キーワードTOXIN / THIONIN / SECRETED / PLANT TOXIN / PLANT DEFENSE
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thionin-like / Thionin / Thionin-like superfamily / Plant thionin / Plant thionins signature. / Crambin / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種VISCUM ALBUM (ヤドリギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Debreczeni, J.E. / Pal, A. / Kahle, B. / Zeeck, A. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2008
タイトル: Structures of viscotoxins A1 and B2 from European mistletoe solved using native data alone.
著者: Pal, A. / Debreczeni, J.E. / Sevvana, M. / Gruene, T. / Kahle, B. / Zeeck, A. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / struct / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.title / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.72024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VISCOTOXIN-B
B: VISCOTOXIN-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3078
ポリマ－9,7312
非ポリマー5766
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-8.9 kcal/mol
Surface area6550 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.819, 40.392, 44.694
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (9.0E-6, 0.9913, -0.1315), (0.9827, 0.02427, 0.1837), (0.1853, -0.1292, -0.9742)
ベクター: 7.419, -11.22, 5.433)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VISCOTOXIN-B / VISCOTOXIN B2


分子量: 4865.536 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) VISCUM ALBUM (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P08943
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASN 17 TO ASP ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASN 17 TO ASP
Has protein modificationY
配列の詳細N11D KNOWN ISOFORM MUTATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1UL HANGING DROP, 30 MG/ML PROTEIN, 0.2M AMSO4, 0.08M CACODYLATE PH 6.5, 25% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→20 Å / Num. obs: 34317 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 21.34 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.05→1.15 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 12.6 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS
開始モデル: NONE

解像度: 1.05→40 Å / Num. parameters: 7604 / Num. restraintsaints: 10158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 12 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED IN RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1703 1833 5 %RANDOM
all0.1277 35151 --
obs--99.8 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 14 / Occupancy sum hydrogen: 646 / Occupancy sum non hydrogen: 795
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数664 0 30 106 800
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0285
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.08
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.106
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.114
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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