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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v9b | ||||||
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タイトル | X-ray structure of viscotoxin B2 from Viscum album | ||||||
要素 | VISCOTOXIN-B | ||||||
キーワード | TOXIN / THIONIN / SECRETED / PLANT TOXIN / PLANT DEFENSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | VISCUM ALBUM (ヤドリギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / DIRECT METHODS / 解像度: 1.05 Å | ||||||
データ登録者 | Debreczeni, J.E. / Pal, A. / Kahle, B. / Zeeck, A. / Sheldrick, G.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2008 タイトル: Structures of viscotoxins A1 and B2 from European mistletoe solved using native data alone. 著者: Pal, A. / Debreczeni, J.E. / Sevvana, M. / Gruene, T. / Kahle, B. / Zeeck, A. / Sheldrick, G.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v9b.cif.gz | 49.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v9b.ent.gz | 39.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2v9b_validation.pdf.gz | 413.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2v9b_full_validation.pdf.gz | 413.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2v9b_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2v9b_validation.cif.gz | 9.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v9/2v9b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (9.0E-6, 0.9913, -0.1315), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4865.536 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) VISCUM ALBUM (ヤドリギ) / 参照: UniProt: P08943 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | 配列の詳細 | N11D KNOWN ISOFORM MUTATION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1UL HANGING DROP, 30 MG/ML PROTEIN, 0.2M AMSO4, 0.08M CACODYLATE PH 6.5, 25% PEG20000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→20 Å / Num. obs: 34317 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 21.34 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.05→1.15 Å / 冗長度: 21 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 12.6 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIRECT METHODS 開始モデル: NONE 解像度: 1.05→40 Å / Num. parameters: 7604 / Num. restraintsaints: 10158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 12 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED IN RIDING POSITIONS
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Refine analyze | Num. disordered residues: 14 / Occupancy sum hydrogen: 646 / Occupancy sum non hydrogen: 795 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.05→40 Å
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拘束条件 |
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